Delavnica o uporabi PCR v realnem času

V Sloveniji se je med 29.11. in 2.12. 2011 prvič odvijalo laboratorijsko izobraževanje na področju visoko tehnoloških raziskav in molekularne diagnostike povzročiteljev bolezni, pod naslovom PCR v realnem času v rastlinski patologiji: diagnostika in raziskave. Izobraževanje v soorganizaciji Nacionalnega inštituta za biologijo (NIB) in BioSistemike d.o.o., je potekalo pod okriljem evropskih projektov COST Action 873 in q-detect na Nacionalnem inštitutu za biologijo v Ljubljani.

Udeleženci izobraževanja so se zbrali iz različnih raziskovalnih in diagnostičnih laboratorijev Evropskih držav: Nizozemske, Finske, Španije, Italije, Estonije, Norveške, Francije, Poljske, Srbije in Slovenije.

Svoje znanje in izkušnje so z udeleženci delili priznani slovenski strokovnjaki iz Oddelka za biotehnologijo in sistemsko biologijo pod vodstvom prof. dr. Maje Ravnikar na NIB-u, sodelavci Biosistemike ter vabljeni strokovnjak, dr. Neil Boonham (Vodja oddelka na raziskovalni agenciji za hrano in okolje (FERA), York, Velika Britanija).

Prisotni so se seznanili tako s teoretičnim ozadjem tehnologije, kot tudi s praktičnim usposabljanjem v laboratoriju, z načini validacije diagnostičnih metod, interpretacijo rezultatov in zagotavljanjem kakovosti. Udeleženci so z uporabo PCR vrealnem času v rastlinskih vzorcih določali dva zelo pomembna karantenska škodljiva organizma in povezane bolezni: hrušev ožig in zlata trsna rumenica. Slednja prav v zadnjih letih povzroča velike težave v vinogradništvu, saj povzroča odmiranja trsov vinske trte.

Vse na tečaju uporabljene metode so sad razvoja predavateljev in sodijo v sam svetovni vrh diagnostike rastlinskih mikrobov, povzročiteljev nevarnih bolezni, zato je tudi odziv na delavnico zelo pozitiven. Več o naših strokovnjakih si lahko preberete pod sliko udeležencev delavnice.



Prof. dr. Maja Ravnikar, NIB, je vodja Oddelka za biotehnologijo in sistemsko biologijo. S svojo raziskovalno ekipo je osnovala raziskovalno dejavnost na področju rastlinske biotehnologije in patologije ter razvila mnoge nove diagnostične metode in nova orodja sistemske biologije. Vodi s strani Ministrstva za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano pooblaščen diagnostični laboratorij za določanje mikroorganizmov v rastlinah, ki tesno sodeluje s Fitosanitarno inšpekcijo RS in različnimi podjetji. Je članica Skupine za diagnostiko in zagotavljanje kakovosti v Evropski in Mediteranski organizaciji za varstvo rastlin (EPPO).

Dr. Tanja Dreo, NIB, je odlična fitobakteriologinja z obširnim znanjem o biologiji za rastline patogenih bakterij, metod s katerimi jih lahko določamo in njihove validacije. Svoje več kot desetletne izkušnje s področja varstva rastlin redno deli s sodelovanjem v Sloveniji in v tujini, kot predavateljica na različnih izobraževanjih in svetovalka. Metoda, ki jo je razvila v okviru doktorske študije, PCR v realnem času za določanje bakterije Xylophilus ampelinus (Dreo et al., 2007), je prva metoda PCR v realnem času, ki je bila sprejeta v diagnostične protokole Evropske in Mediteranske organizacije za vastvo rastlin, EPPO (PM 7/96 (1)).

Mag. Nataša Mehle, NIB, je raziskovalka na področju virusnih in fitoplazemskih bolezni vinske trte. Ima več kot deset let izkušenj v razvoju metod za določanje novih škodljivih organizmov (virusov, fitoplazem in viroidov), raziskovanju njihove biologije in interakcij z gostiteljskimi rastlinami. Ima vrhunske izkušnje v optimizaciji diagnostičnih procesov kar je vodilo v občutno krajši čas potreben za določanje škodljivih organizmov kot sta fitoplazmi Flavescence Dorée and Bois Noire z uporabo PCR v realnem času.

Dr. Manca Pirc je biologinja s specializiranimi znanji molekularno-bioloških detekcijskih metod določanja fitopatogenih bakterij, razvoja metod in njihove evalvacije za potrebe raziskovalne in diagnostične dejavnosti. V okviru svoje doktorske teze je razvila metodo PCR v realnem času za določanje bakterije Erwinia amylovora (Pirc et al., 2009), ki povzroča bakterijski hrušev ožig. Ta metoda je bila na delavnici prikazana kot eden od primerov za občutljivo in kvantitativno določanje karantenskih bakterij v rastlinskih vzorcih.

Dr. Špela Baebler, NIB, je biologinja z bogatimi izkušnjami na področju raziskovanja izražanja genov v interakciji rastlin s povzročitelji bolezni, še posebej v interakciji krompirja in krompirjevega virusa Y (Baebler et al, 2009). Vključena je tudi v razvoj in vzpostavitev transkriptomskih metiod (laboratorijskih kot tudi metod za analizo integracijo in interpretacijo podatkov) na področju rastlinske biologije in farmacije V BioSistemiki vodi organizacijo delavnic s področja PCR v realnem času.

Biologinja dr. Urška Čepin, BioSistemika d.o.o., je strokovnjakinja na področju rastlinske virologije in metode PCR v realnem času. Med doktorskim študijem je razvila in validirala metodo PCR v realnem času za detekcijo in kvantifikacijo virusa pahljačavosti listov vinske trte (Grapevine fanleaf virus, GFLV), ekonomsko najpomembnejšega virusa v vinogradništvu (Čepin et al., 2010). Ravno na tem primeru so udeleženci v praksi spoznali metodo relativne kvantifikacije. Je asistentka raziskav in razvoja v BioSistemiki, kjer dela na razvoju aplikacij za automatizacijo diagnostičnih protokolov.

Dr. Matjaž Hren, BioSistemika d.o.o., je biolog specializiran za moderne pristope v transkriptomiki, ki so bili v povezavi z metodami PCR v realnem času tudi tema njegove doktorske disertacije na Nacionalnem inštitutu za biologijo. Ima bogate izkušnje s področja zagotavljanja kakovosti v laboratorijskem okolju in optimizacije procesov. Je vodja raziskav in razvoja v podjetju BioSistemika d.o.o.