Na spletni delavnici E-PAN: Izboljšanje analize pan-genomov pri rastlinah? (18. maj, 14.00 CET) bodo predstavljeni rezultati projekta E-PAN, ki ga financira ELIXIR-jev program Biotska raznovrstnost, varnost hrane in patogeni.

Ta projekt se osredotoča na izboljšanje in standardizacijo analize pan-genomov rastlin. S širitvijo zbirk podatkov o pan-genomih ostajajo veliki izzivi na področju nadzora kakovosti, prisotnosti/odsotnosti genov, odkrivanja strukturnih variant, integracije podatkov in vizualizacije.

E-PAN se je s temi izzivi spopadel z opredelitvijo standardov za nadzor kakovosti, usklajenimi pristopi k poročanju in razvojem praktičnih rešitev za vizualizacijo.

Delavnica je namenjena uporabnikom pan-genomov rastlin, vendar so k sodelovanju vabljeni tudi razvijalci orodij, kuratorji podatkov in drugi zainteresirani raziskovalci.

Na delavnici bo poudarek na dosežkih v okviru projekta, kje ostajajo omejitve in kako lahko predlagani standardi in orodja podprejo bolj zanesljive in interoperabilnejše raziskave pan-genomov rastlin.
 

Program

14:00 – 14:10

Pozdrav in uvod

Klaas Vandepoele (VIB-UGent)

14:10 – 14:25

Predstavitev E-PAN objave “White paper: standards for handling and analyzing plant pan-genomes”

Marc C. Heuermann (IPK Gatersleben)

14:30 – 14:45

Vodnik po nadzoru kakovosti pan-genomov: praktična navodila in standardi za nadzor kakovosti

Pedro Barros (ITQB NOVA)

14:50 – 15:00

Odmor

15:00 – 15:45

Uvod v orodja za vizualizacijo

15:00 – 15:15

PanBarlex

Patrick König IPK (Gatersleben)

15:15 – 15:30

PLAZA

Michiel Van Bel (VIB-UGent)

15:30 – 15:45

KnetMiner

Keywan Hassani-Pak (Rothamsted Research)

15:45 – 16:05

Splošna vprašanja in razprava