NIB - MORSKA BIOLOŠKA POSTAJA PIRAN
DE Mikroorganizmi in kroženje snovi
DE Mikroorganizmi in kroženje snovi
Raziskujemo strukturo in funkcijo morskih mikroorganizmov pri kroženju snovi in v interakcijah z drugimi organizmi, tako v naravnem okolju kot v kontroliranih pogojih.
Raziskave:
- Raziskave strukture in delovanja mikrobnih združb (fitoplankton, bakterije, arheje, virusi) in njihovih sprememb zaradi klimatskih sprememb in drugih antropogenih pritiskov
- Vloga mikrobnih združb pri kroženju hranil v obalnih morskih ekosistemih
- Ekologija cvetenj škodljivih vrst alg
- Razumevanje funkcionalne ekologije fitoplanktonskih vrst na osnovi njihovih funkcionalnih lastnosti
- Vzdrževanje dolgoročne serije bioloških in kemičnih podatkov za preučevanje sprememb in trendov s statističnimi analizami in modeliranjem
- Razvoj metodologij za oceno ekološkega stanja morja na podlagi fitoplanktona
- Raziskave genetskih lastnosti ekološko pomembnih vrst (vključno s HAB) in razvijanje novih metod v okoljski diagnostiki
- Raziskave diverzitete fitoplanktonskih, predvsem diatomejskih, virusov in vpliva virusnih okužb na kroženje snovi
- Raziskave interakcij mikrobov z drugimi planktonskimi organizmi s poudarkom na interakcijah mikroorganizmi-želatinozni plankton in posledicah teh interakcij za delovanje morskih ekosistemov
- Porazdelitev in vloga potencialnih patogenov v obalnih morskih okoljih in razvoj novih metod detekcije
- Biogeokemično kroženje raztopljenih in biorazpoložljivih zvrsti kovin v morskih okoljih (odprta in obalna morja, hidrotermalni izviri, lagune)
- Biogeokemično kroženje živega srebra
- Geokemični in biološki procesi v hipersalinem okolju
Ekspertize:
- Integrativna taksonomija fitoplanktona (svetlobna in elektronska mikroskopija, filogenetsko črtno kodiranje posameznih sevov, metabarkodiranje fitoplanktonskih združb)
- Določanje strukture in delovanja mikrobnih združb z uporabo metod neodvisnih od gojenja mikroorganizmov in naslednje generacije sekvenciranja ter najsodobnejših orodij bioinformatike in računalniške biologije
- Gojenje, taksonomska identifikacija in raziskovanje fiziologije in biokemije izbranih sevov bakterij in mikroalg iz zbirke kultur na MBP
- Analize mikrobne aktivnosti na celičnem nivoju, ki temelji na mikroskopiji
- Metode klasične virologije in metagenomske analize virusne združbe
- Meritve primarne in bakterijske produkcije z uporabo radioaktivno označenih spojin (14C, 3H)
- Kemotaksonomija (HPLC analize pigmentov)
- Vrstična elektronska mikroskopija – SEM (biološki vzorci)
- Določanje fitoplanktonskih toksinov s hitro imunoencimsko metodo (ELISA)
- Ultračisto vzorčenje redkih kovin v morskem okolju (metoda Diffusive Gradients in Thin-film ter Geotraces), analiza in interpretacija kompleksacije in biorazpoložljivosti za fitoplankton in makrofite
- Speciacija živega srebra (raztopljeno plinasto živo srebro, monometilno živo srebro in celokupno živo srebro)
- Analize časovnih serij
Izr. prof. dr. Patricija Mozetič, znanstvena svetnica, vodja DE
http://www.nib.si/mbp/sl/cv/patricija-mozetic
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Doc. dr. Tinkara Tinta, znanstvena sodelavka
https://scholar.google.com/citations?user=uL43BEcAAAAJ
https://orcid.org/0000-0001-6740-8973
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Dr. Arne Bratkič, znanstveni sodelavec
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/arne-bratkic
https://scholar.google.com/citations?hl=sl&user=e6mcs6UAAAAJ
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Dr. Vesna Flander-Putrle, višja strokovno-raziskovalna sodelavka
https://scholar.google.com/citations?user=8vpGnJ4AAAAJ&hl=en&oi=ao
https://orcid.org/my-orcid?orcid=0000-0001-8718-9819
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Dr. Janja Francé, višja strokovno-raziskovalna sodelavka
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/janja-france
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Neža Orel, mlada raziskovalka
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/neza-orel
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Petra Slavinec, mlada raziskovalka
https://www.researchgate.net/profile/Petra-Slavinec-2
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/petra-slavinec
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Dr. Timotej Turk Dermastia, podoktorski raziskovalec
https://www.nib.si/mbp/sl/cv/timotej-turk-dermastia
Ta e-poštni naslov je zaščiten proti smetenju. Za ogled potrebujete Javascript, da si jo ogledate.
Nekdanji člani
Assoc. Prof. Dr Valentina Turk
Raziskave obalnega morja –raziskovalni program ARRS P1-0237
1.1.2020-31.12.2025
Vodja: Patricija Mozetič
http://www.nib.si/eng/index.php/projects?view=project&id=166
Vpliv podnebnih sprememb na začetek cvetenja fitoplanktona in posledice za dinamiko prehranjevalnega spleta: primerjava med severnim in južnim Jadranom - bilaterala Slovenija - Hrvaška v letih 2023 in 2024
1.4.2023-31.3.2025
Vodja: Patricija Mozetič
https://www.nib.si/projektinib?view=project&id=447
PETRI-MED - Plankton biodivErsity Through Remote sensing and omIcs in the MEDiterranean Sea (Biodiversa+ 2021-2022 Joint Call ‘Supporting the protection of biodiversity and ecosystem across land and sea)
1.4.2023-31.3.2026
Vodja za NIB: Tinkara Tinta
DE-COMB - Vpliv razpada masovne populacije invazivne rebrače na mikrobno združbo obalnega morja - od molekul do ekosistema - celosten interdisciplinarni pristop – slovensko (ARRS) – avstrijski raziskovalni projekt J7-2599
1.11.2020 – 31.10.2023
Vodja: Tinkara Tinta
http://projects.nib.si/decomb/
Diatomejski virusi in njihov vpliv na kroženje snovi (DIAVIR) – podoktorski projekt ARIS 01Z14396
1.10.2022-1.10.2024
Vodja: Timotej Turk Dermastia
https://projects.nib.si/diavir/
ABIOMMED - Support Coherent and Coordinated Assessment of Biodiversity and Measures Across Mediterranean for the Next 6-year Cycle of MSFD Implementation
2021-2023
Vodja delovnega sklopa Janja Francé
MEDREGION - Support Mediterranean Member States towards the implementation of the Marine Strategy Framework Directive new GES Decision and programmes of measures and contribute to regional/subregional cooperation
2019-2021
Monitoring bioloških elementov kakovosti ekološkega stanja morja v skladu z veljavnimi metodologijami
Agencija RS za okolje
Vodja: Janja Francé
https://www.arso.gov.si/vode/morje/
Monitoring toksičnega fitoplanktona na območjih gojišč užitne klapavice v Strunjanskem zalivu, Seči in na Debelem rtiču
MKGP, Uprava RS za varno hrano, veterinarstvo in varstvo rastlin
Vodja: Patricija Mozetič
NC IOC – Nacionalni odbor Medvladne oceanografske komisije (deluje pod okriljem Slovenske nacionalne komisije za UNESCO)
Vsakoletni program od 1994 dalje
Tinta, T., Zhao, Z., Bayer, B., Herndl, G.J. Jellyfish detritus supports niche partitioning and metabolic interactions among pelagic marine bacteria. Microbiome. 2023, https://doi.org/10.1186/s40168-023-01598-8
Kovač, N., Hauptman, Ž., Dolenec, M., Škornik, I., Rogan Šmuc, N. 2023. Translocation signatures of major elements in halophytes from hypersaline environments: the case study from Sečovlje Salina (Republic of Slovenia). Journal of soils and sediments. DOI: 10.1007/s11368-023-03654-0
Faganeli, J., Falnoga, I., Klun, K., Mazej, D., Mozetič, P., Zuliani, T., Kovač, N. 2023. Metal(loid)s in suspended particulate matter and plankton from coastal waters (Gulf of Trieste, northern Adriatic Sea). Journal of soils and sediments. DOI: 10.1007/s11368-023-03519-6
Kovač, N., Viers, J., Faganeli, J., Bajt, O., Pokrovsky, O.S. 2023. Elemental composition of plankton exometabolites (mucous macroaggregates): control by biogenic and lithogenic components. Metabolites. DOI: 10.3390/metabo13060726
Turk Dermastia, T., Vascotto, I., Francé, J., Stanković, D., Mozetič, P., 2023. Evaluation of the rbcL marker for metabarcoding of marine diatoms and inference of population structure of selected genera. Front. Microbiol. 14. https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1071379
Bratkič, A., Jazbec, A., Toplak, N., Koren, S., Lojen, S., Tinta, T., Kostanjšek, R., Snoj, L. 2023. The colonization of an irradiated environment: The case of microbial biofilm in a nuclear reactor. International Journal of Radiatioan Biology. doi.org/10.1080/09553002.2023.2258206
Sagarminaga, Y., Garcés, E., Francé, J., Stern, R., Revilla, M., Magaletti, E., Bresnan, E., Tsirtsis, G., Jakobsen, H.H., Sampedro, N., Reñé, A., Camp, J., Borja, Á., Rodríguez, J.G., Spada, E., Pagou, K., De Angelis, R., Lanzén, A., Ferrer, L., Borrello, P., Boicenco, L., Kobos, J., Mazaris, A., Katsanevakis, S., 2023. New tools and recommendations for a better management of harmful algal blooms under the European Marine Strategy Framework Directive. Frontiers in Ocean Sustainability. 10.3389/focsu.2023.1298800.
Turk, V., Malkin, S., Celussi, M., Tinta, T., Ceam, J., Malfatti, F., Chen, F. 2021. Ecological role of microbes : current knowledge and future prospects. In: Malone, T.C., Malej, A., Faganeli, J. (eds.). Coastal ecosystems in transition: a comparative analysis of the northern Adriatic and Chesapeake Bay, (Geophysical monograph series). AGU: Wiley. DOI: 10.1002/9781119543626.ch7
Brush, M.J., Mozetič, P., Francé, J., Bernardi Aubry, F., Djakovac, T., Faganeli, J., Harris, L.A., Niesen, M. 2021. Phytoplankton dynamics in a changing environment. In: Malone, T.C., Malej, A., Faganeli, J. (eds.). Coastal ecosystems in transition: a comparative analysis of the northern Adriatic and Chesapeake Bay, (Geophysical monograph series). AGU: Wiley. DOI: 10.1002/9781119543626.ch4.
Francé, J., Varkitzi, I., Stanca, E., Cozzoli, F., Skejić, S., Ungaro, N., Vascotto, I., Mozetič, P., Ninčević Gladan, Ž., Assimakopoulou, G., Pavlidou, A., Zervoudaki, S., Pagou, K., Basset, A., 2021. Large-scale testing of phytoplankton diversity indices for environmental assessment in Mediterranean sub-regions (Adriatic, Ionian and Aegean Seas). Ecological Indicators. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2021.107630.
Orel, N., Fadeev, E., Klun, K., Ličer, M., Tinta, T, Turk, V. 2022. Bacterial indicators are ubiquitous members of pelagic microbiome in anthropogenically impacted coastal ecosystem. Frontiers in microbiology. DOI: 10.3389/fmicb.2021.765091
Turk Dermastia, T., Cerino, F., Stanković, D., Francé, J., Ramšak, A., Tušek-Žnidarič, M., Beran, A., Natali, V., Cabrini, M., Mozetič, P. 2020. Ecological time series and integrative taxonomy unveil seasonality and diversity of the toxic diatom Pseudo-nitzschia H. Peragallo in the northern Adriatic Sea. Harmful algae. DOI: 10.1016/j.hal.2020.101773.
Flander-Putrle, V., Francé, J., Mozetič, P., 2022. Phytoplankton Pigments Reveal Size Structure and Interannual Variability of the Coastal Phytoplankton Community (Adriatic Sea). Water. https://doi.org/10.3390/w14010023.
Zingone, A., Escalera, L., Aligizaki, K., Fernandez-Tejedor, M., Ismael, A., Montresor, M., Mozetič, P., Taş, S., Totti, C. 2021. Toxic marine microalgae and noxious blooms in the Mediterranean Sea: a contribution to the Global HAB status report. Harmful algae. DOI: 10.1016/j.hal.2020.101843.
Mozetič, P., Solidoro, C., Cossarini, G., Socal, G., Precali, R., Francé, J., Bianchi, F., De Vittor, C., Smodlaka, N., Fonda Umani, S. 2010. Recent trends towards oligotrophication of the Northern Adriatic: Evidence from chlorophyll a time series. Estuaries and Coasts. https://doi.org/10.1007/s12237-009-9191-7
Turk Dermastia, T., Cerino, F., Stanković, D., Francé, J., Ramšak, A., Tušek-Žnidarič, M., Beran, A., Natali, V., Cabrini, M., Mozetič, P. Ecological time series and integrative taxonomy unveil seasonality and diversity of the toxic diatom Pseudo-nitzschia H. Peragallo in the northern Adriatic Sea. Harmful algae. https://doi.org/10.1016/j.hal.2020.101773
Varkitzi, I., Francé, J., Basset, A., Cozzoli, F., Stanca, E., Zervoudaki, S., Giannakourou, A., Assimakopoulou, G., Venetsanopoulou, A., Mozetič, P., Tinta, T., Skejic, S., Vidjak, O., Cadiou, J.F., Pagou, K., 2018. Pelagic habitats in the Mediterranean Sea: A review of Good Environmental Status (GES) determination for plankton components and identification of gaps and priority needs to improve coherence for the MSFD implementation. Ecol. Indic. 95, 203-218. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.07.036.
Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta https://www.uni-lj.si/university/
Institut “Jožef Stefan” https://www.ijs.si/ijsw/JSI
Kemijski inštitut https://www.ki.si/
Nacionalni veterinarski inštitut https://www.vf.uni-lj.si/nvi
Soline, Pridelava soli d.o.o. https://www.soline.si/
Univerza v Trstu https://www.units.it/
OGS https://www.ogs.trieste.it/
ISMAR http://www.ismar.cnr.it/
CMR Rovinj https://www.irb.hr/eng/Divisions/Center-for-Marine-Research
Univerza v Zagrebu http://www.unizg.hr/homepage/
Univerza na Dunaju https://www.univie.ac.at/en/
Institut za oceanografiju i ribarstvo (IOR), Split, Hrvaška, https://galijula.izor.hr/
Institute for Marine and Coastal Research, University of Dubrovnik, Croatia https://www.imp-du.com/en
Fondazione Centro Ricerche Marine – Laboratoro Nazionale di riferimento per le Biotossine Marine, Cesenatico, Italy https://www.centroricerchemarine.it/it-IT/index-index/
Microbia Environnement https://www.microbia-environnement.com/
Hellenic Centre for Marine Research (HCMR), Grčija, https://www.hcmr.gr/
Univerza v Salentu, Lecce, Italija https://www.unisalento.it/
UN Environmental Programme, Mediterranean Action Plan Coordinating Unit (UNEP/MAP),Athens, Greece
Christian Albrechts University Kiel (CAU), Germany
The National Research Council (CNR), Italy
University of Southern Denmark (SDU), Denmark
Università Politecnica delle Marche, Italija https://www.univpm.it/Entra/
Agenzia regionale per la protezione dell'ambiente del Friuli Venezia Giulia (ARPA FVG), Italija https://www.arpa.fvg.it/
Izobraževanje in ozaveščanje:
Člani skupini predavajo na:
- Univerzi v Ljubljani (Biotehniški fakulteti, Fakulteta za pomorstvo in promet)
- Univerzi na Primorskem (Fakulteta za matematiko, naravoslovje in informacijske tehnologije, Pedagoška fakulteta)
- Univerzi v Novi Gorici (Fakulteta za znanosti o okolju, Fakulteta za podiplomski študij)
- Jožef Stefan Mednarodna podiplomska šola
Sodelujemo v programih izobraževanja, ne samo v nacionalnih programih za mlade raziskovalce, temveč tudi kot mentorji domačim in tujim študentov, v programih obveznih praks, ter kot mentorji pri diplomskih, magistrskih in doktorskih nalogah.
Z rednimi dejavnostmi ozaveščanja ( npr. dan odprtih vrat, noč raziskovalcev, tematski dnevi) in drugimi oblikami širjenja znanja prispevamo k oceanski pismenosti družbe.
Nacionalna imenovanja in članstva v strokovnih skupinah:
- Nacionalna predstavnica v Medvladnem panelu za škodljiva cvetenja alg (IOC-FAP IPHAB) (P. Mozetič)
- Predsednica Nacionalnega odbora Medvladne oceanografske komisije (NO IOC) pri Slovenski nacionalni komisiji za UNESCO (P. Mozetič)
- Podpredsednica in tajnica Nacionalnega odbora za Desetletje oceanov pri Slovenski nacionalni komisiji za UNESCO (P. Mozetič, V. Flander Putrle)
- Nacionalna predstavnica za Desetletje oceanov (V. Flander Putrle)
- Člani strokovnih skupin v podporo direktivam EU (MSFD, WFD)
- Članica znanstvenega sveta podoktorskega programa Znanosti o okolju na Univerzi v Novi Gorici (T. Tinta)
- Predstavnica v medresorskem delovnem telesu za akvakulturo na MKGP (V. Flander Putrle)
Nagrade, priznanja, štipendije:
- Slovenska nagrada “Prometej znanosti za odličnost v znanosti in komunikaciji 2019” uredništvo publikacije Pol stoletja dolga pot Morske biološke postaje Piran 1969-2019, Nacionalnega inštituta za biologijo (J. Francé, N. Kovač, P. Mozetič)
- Znanstveni dosežek ARRS »Odlični v znanosti 2018« na področju interdisciplinarnih raziskav mikrobne preproge in solinskega blata v hipersalinem okolju Sečoveljskih solin in možnost uporabe peloida kot zdravilnega blata za terapevtske namene (N. Kovač, N. Glavaš et al.)
- Slovenska nagrada “ Prometej znanosti za odličnost v znanosti in komunikaciji 2018” mlademu raziskovalcu (T. Turk Dermastia)
- Znanstveni dosežek ARRS »Odlični v znanosti 2015 na področju naravoslovja za opis vpliva okoljskih dejavnikov na dinamiko mikrobne združbe (T. Tinta et al.)
- FEMS štipendija, Univerza na Dunaju, Avstrija, 2021, N.Orel
- Marie Sklodowska Curie (MSCA-IF-EF-ST) štipendija za projekt 'Microbial degradation of jellyfish-derived substrates', Univerza na Dunaj, Avstrija (2018-2020),T. Tinta
- Podoktorska Fulbright štipendija za project 'Marine bacteria and aggregates interactions at microscale', Scripps SIO, UCSD, USA (2013-2014), T. Tinta
Na slikah (od leve proti desni in od zgoraj navzdol):
1. Vzorčenje s fitoplanktonsko mrežico (Foto Vesna Flander Putrle)
2. Filtracija (Foto Vesna Flander Putrle)
3. Delo na invertnem svetlobnem mikroskopu
4. Izobraževanje za SEM (Foto Milijan Šiško)
5. Delo na SEM (Foto Jena Jamšek)
6. Diatomeja Actinocyclus sp. (SEM) (Foto Petra Slavinec)
7. Kokolitoforid Helicosphaera carteri (SEM) (Foto Petra Slavinec)
8. Detajl Helicosphaere carteri (SEM) (Foto Petra Slavinec)
