V okviru NIB deluje Morska biološka postaja. Je edina slovenska ustanova, ki proučuje morje in spremlja njegovo kvaliteto. Raziskovalci MBP so osredotočeni na raziskave s področij fizikalne, kemijske in biološke oceanografije.
Poslanstvo
Enota MBP povezuje svetovno znanost o morjih in oceanih z ekološkimi in oceanografskimi problemi v našem okolju. Hkrati posreduje spoznanja o razmerah v morju tako širši javnosti, kot uporabnikom morskega prostora in vgrajuje znanje v pedagoške procese, ki segajo od poljudnih predšolskih predstavitev do poglobljenih študij za doktorske disertacije.
Vizija
Enota MBP bo v Evropskem in svetovnem prostoru znana kot ena redkih morskih raziskovalnih institucij, ki tvori nova raziskovalna spoznanja s področja morskih ved z multidisciplinarnim timskim delom specializiranih strokovnjakov.
Cilj: Postati močan dejavnik (v Mediteranu in širše) na področju raziskav in spremljanja stanja v obalnem delu morskega ekosistema ter izobraževanja s področij ekologije obalnega morja.
Prednosti: multidisciplinarnost ekipe, dobri odnosi znotraj kolektiva, velik pretok tujih študentov, lokacija MBP, prostorske razmere, plitvost obalnega morja omogoča in situ delo, pretekla in trenutna vpetost v mednarodni prostor, relativno mlada ekipa, povezanost z izobraževalnimi procesi drugih institucij
Slabosti: Okolje za raziskovalno dejavnost je v Sloveniji je zavirajoče (pomanjkanje finančnih sredstev, birokratske ovire …), dislociranost od centrov odločanja, kadrovska podhranjenost; ni tehnikov za terensko delo, v laboratorijih bi na merilnih instrumentih morali delati tehniki (plača raziskovalcev je previsoka za rutinsko delo z instrumenti) …. plovilo je staro
Strategija: poleg aplikativnih projektov ohranjati tudi bazične raziskave. Z ustrezno srednje in dolgoročno kadrovsko politiko zapolniti praznino na nivoju tehničnega kadra, tako za terensko delo kot v laboratorijih. Blaga diferenciacija na tiste, ki lažje in boljše pišejo in tiste, ki »piscem« zagotavljajo podatke. Enakomerno razvijati vsa področja od fizikalne oceanografije do mikrobiologije in genetike: s tem je poudarjen ekosistemski pristop.