23
feb
Mikročipi in PCR v realnem času kot molekularno biološki orodji za preučevanje bolezni trsnih rumenic, potencialnih povzročiteljic velike gospodarske škode pridelovalcem vina
Trsne rumenice so skupina bolezni vinske trte, ki jo povzroča več tipov fitoplazem. Med njimi sta v Evropi in v Sloveniji najbolj pomembni fitoplazma črni les (Bois noir, BN) in zlata trsna rumenica (Flavescence dorée, FD). Fitoplazme so med bakterijami nekaj posebnega, saj nimajo celične stene, zaradi zmanjšanega genoma pa so obligatni paraziti, omejeni na življenje v floemu rastlin. Povzročijo lahko veliko gospodarsko škodo, zato je nadzor bolezni ključen, predpogoj za to pa zanesljiva detekcija fitoplazem. Tako smo na našem Oddelku razvili in vpeljali hiter, zanesljiv sistem za detekcijo BN in FD z metodo PCR v realnem času (qPCR), ki je hkrati bolj občutljiv od obstoječih metod (PCR, RFLP). Kljub zanesljivi detekciji, je razumevanje bolezni še vedno nepopolno. Zato nadaljujemo preučevanje te zanimive interakcije na ravni odziva rastlin (izražanje genov) v populaciji v vinogradu rastočih trt (kultivarji Chardonnay, Barbera in Prosecco). Tako smo s qPCR dokazali, da okužba s fitoplazmami spremeni metabolizem sladkorjev (povečano izražanje saharoza sintaze) in vzpodbudi anaerobni metabolizem (povečano izražanje alkoholne dehidrogenaze) v listih okuženih rastlin ne glede na kultivar in tip fitoplazme (BN oz. FD). S tem smo tudi pokazali, da sta ta dva gena (oz. njuno izražanje) primerna kot markerja bolezni trsnih rumenic. Raziskave nadaljujemo z mikročipi, kjer lahko spremljamo odziv približno polovice genov v genomu vinske trte. Prvi rezultati kažejo, da se v okuženih rastlinah zavre izražanje genov vključenih v fotosintezo, poveča pa npr. izražanje genov, ki so vključeni v biotski stres (okužba s patogeni) in genov vključenih v regulacijo prepisovanja RNA.
