Raziskovalna oprema

• Sistem za 2D gelsko elektroforezo s programsko opremo za analizo slik (Image Master 2D Platinum)
• Pretočni citometer (Calibur BD)
  
  

• spremljanje celičnih procesov pri izražanju / aktivaciji beljakovin
  
  

• Postavitev za biokemijsko testiranje (ultrasonični homogenizator Cole&Palmer; centrifuga Sigma 2K15, termostatski inkubator, spektrofotometer Perkin Elmer Lambda 25 UV/VIS)
  
  

• merjenje dihalnega potenciala in stresnega odziva pri vodnih in kopenskih nevretenčarjih in vodnih biofilmih

• Laboratorij za karantenske žuželke
• Čebelje družine
• Naprava za štetje čebel (Bee SCAN Lowland Electronics)
• Mrežniki za opazovanje vedenja žuželk na prostem (3×7 m, 2x)

• vzreja karantenskih žuželk
• preučevanje učinkov pesticidov in bolezni na vedenje in osnovno fiziologijo žuželk
• preučevanje opraševanja žuželk
• ocenjevanje vpliva pesticidov na pašno vedenje in učne sposobnosti čebel
• razvoj tehnik za spremljanje opraševalcev (distribucijska in populacijska dinamika)
• uporaba čebel kot prenašalcev kontrolnih sredstev

• 2 karantenska rastlinjaka, mrežnik,
• 4 rastne komore za vzgojo rastlin, 2 rastni komori za rastlinske tkivne kulture

• vzgoja in razmnoževanje rastlin
• fiziološke in ekološke študije
• transformacija rastlin
• vzdrževanje virusov
• delo z karantenskimi povzročitelji bolezni rastlin

• Termostatski inkubatorji za postavitve poskusovza vodne nevretenčarje (raki, Daphnia, Niphargus, Gammarus)
• Vzreja vodnih nevretenčarjev v vodnih bazenih

• ekofizioloških študije - odzivi vodnih živali na okoljske gradiente in stresorje (temperatura, pH, strupene snovi)

• Rastne komore in inkubatorji za alge in cianobakterije

• (eko)toksične študije (OECD TG201)
• taksonomske študije
• ekofiziološke študije

• Živalski modeli - cebrica (Danio rerio): vzdrževanje zalog / vzreja v vodnem bazenu za ribe in vzpostavljenih protokolih za eko-toksikološke študije in (transgenske) študije z vbrizgavanjem človeških celic

• genetske toksikološke študije zarodkov cebric; (funkcionalne) študije napačnega izražanja beljakovin v zarodkih cebric z vbrizgavanjem transgenih celic (prekomerno izražanje ali siRNA utišanje), itd.

• Laboratoriji za celične in tkivne kulture, opremljeni z laminarnimi varovalnimi pokrovi, komorami za kriogeniko, zamrzovalniki, avtomatskimi parametersko upravljanimi zamrzovalniki, centrifugami in CO2 inkubatorji
• Komore za tkivne kulture rastlin
• Laboratoriji za bakterijske kulture, opremljeni z laminarnimi varovalnimi pokrovi in inkubatorji
• CelVivo BioArray Matrix (BAM) bioreaktor za gojenje 3 D celičnih kultur – ClinoStar

• gojenje celičnih linij rakavih (zarodnih) celic, celičnih linij zdravih (zarodnih) celic in rastlinskih kultur (celic, tkiv)
• izolacija primarnih (sferoidi) kultur rakavih (zarodnih) celic in zdravih(zarodnih) celic iz tumorjev in maščobnega / popkovničnega tkiva
• študije medcelične navzkrižne detekcije (cross-talk)
• banka bioloških vzorcev tkiva gliomov
• študije mutagenosti / genotoksičnosti
• vzgoja in razmnoževanje rastlin, spreminjanje rastlin, vzdrževanje virusov

• PreSens optični senzorji za kisik
• Termostatski inkubator za meritve dihanja v odprtih in zaprtih sistemih
• Klimatske temperaturne komore (I-45 CK, Kambič) za dinamično kontrolo temperatur

• meritve stopnje respiracije biofilma, vodnih in kopenskih nevretenčarjev in vretenčarjev
• ekofiziološke raziskave - odzivi vodnih živali in biofilma na okoljske gradiente in stresorje (temperatura, pH, strupene snovi)

ANALIZE METABOLIZMA IN ATIOKSIDACIJSKIH MEHANIZMOV:

• -80°C EVOSAFE zamrzovalne skrije
• Visoko-ločjiva tehtnica (Sartorius)
• Homogenizator tkiv TissueLyser II Qiagen GmbH
• Homogenizator tkiv FastPrep-24 (MP Biomedicals)
• Centrifuga z ohlajevanjem (Sigma 2K-15)
• Spektrofotometer Spektral photoLab (WTW)
• Spektrofotometer Lambda 25 (Perkin-Elmer)
• Sistem za slikanje celic Multi-Mode Reader Cytation-5 (BioTek)

• biokemijske analize metabolizma biofilma, vodnih in kopenskih nevretenčarjev ter vretenčarjev
• raziskave oksidativnega stresa pri organizmih z uporabo biomarkerjev oksidativnega stresa

• Tekočinski scintilacijski števec
• Perkin Elmer
• LSC TriCarb 4200

• meritve primarnega proizvajanja in proizvajanja ogljika pri bakterijah

• Fluorometer, Turner Designs
• Trilogy laboratory fluorometer

• meritve klorofila a v vzorcih vode

• Tekočinski kromatograf za kromatografijo visoke ločljivosti
  
  

• kvalitativne in kvantitativne meritve pigmentov

• Spektrometer
• Perkin Elmer
• Spectrum one FT-IR

• strukturna karakterizacija spojin

• Konstantno pretočni analizatorji (SFA)
• Seal Analytical (model QuAAttro 39)

• analize hranil v vodi
• CHNS elementarni analizator, Elementar, Vario Micro Cube
• CHNS analiza voda in sedimentov

• Plinski kromatograf za identifikacijo mikroorganizmov s pomočjo analize metil estrov maščobnih kislin (Sherlock Microbial Identification System)

• identifikacija mikroorganizmov

• Tekočinski kromatograf za hitro ločevanje beljakovin AKTA Purifier UPC 100

• ločevanje beljakovin in drugih majhnih delcev

• IC kromatograf 761 Compact (Methrom)

• analiza kationov in anionov v vzorcih vode

• Masni spektrofotometer / plinski kromatograf (Agilent, 973 MS/6890N GC)

• za metabolomsko analizo (lipidov in aminokislin) in odkrivanje pesticidov

• ELISA čitalec Tecan Sunrise
• Pretočni citometer (Calibur BD)
• Pretočni citometer FACS Calibur
• Spektrofluorimeter z luminometrom za mikrotitrske plošče (Tecan Genios)
• Spektrofluorimeter – multidetekcijski čitalec SynergyMX (BioTech Instruments)

• spremljanje celičnih procesov pri izražanju / aktivaciji beljakovin

• PCR v realnem času (Applied Biosystems 7900HT, ViiA7, Roche Light Cycler 480, Cephid Smart Cycler)
• Digitalni PCR (nanofluidni Fluidigm BioMark HD System in kapljični digitalni PCR BioRad QX200)

• izražanje genov, analiza miRNA, genotipizacija, izražanje beljakovin, analiza različic v številu kopij (CNV), analiza talilne krivulje visoke ločljivosti, priprava vzorcev za sekvenciranje, odkrivanje patogenov

• Aparatura za izotermično pomnoževanje LAMP (GenieII)

• odkrivanje patogenov / škodljivcev, uporaba na kraju samem, tipizacija SNP, kvantitativna metoda

• Sekvenciranje nove generacije (Ion Torrent, Roche GS Junior)

• ciljno sekvenciranje, zajem sekvenc, sekvenciranje eksomov in transkriptomov, sekvenciranje genomov mikrobov, metagenomika in odkrivanje patogenov

• Robot za pipetiranje (Perkin Elmer MultiProbe II),
• homogenizatorji: MP Biomedicals FastPrep-24, Qiagen Tissue Lyzer, Seward Stomacher Stomacher 80 Biomaster),
• Termo KingFisher mL, KingFisher duo,
• Agilent 2100 Bioanalyzer

• avtomatsko ravnanje s tekočinami
• homogenizacija različnih biološkh snovi
• avtomatska ekstrakcija nukleinskih kislin na magnetni osnovi
• analiza nukleinskih kislin, beljakovin in celic (kontrola kvalitete, kvantifikacija)

• Elektrofiziološka postavitev za nevrobiologijo žuželk (2x)

• raziskovanje nevronske podlage procesiranja vibracijskih signalov, razvoja nevronskih mrež in določenih vedenjskih vzorcev
• izven-celična in znotraj celična registracija odzivovživčnih celic, tehnike barvanja
  
  

• SZX12 z digitalno kamero in programsko opremo cellSens (Olympus)
• Stereozoom SMZ1500 (Nikon)

• BX50, BX51 z digitalno kamero (Olympus)
• Aksioskop 2 plus (Zeiss)
• Eclipse 80i z digitalno kamero in programsko opremo NIS Elements (Nikon)
• Invertni mikroskop AxioObserver Z1 (Zeiss)
• Invertni mikroskop Diaphot (Nikon)

• DMRB/E z digitalno kamero (Leica)
• E800 z digitalno kamero (Nikon) in programsko opremo Comet Assay IV (Perceptive Instruments)
• Invertni mikroskop EclipseTE300 z digitalno kamero in programsko opremo NIS Elements (Nikon)
• NikonEclipse E600

• Transmisijski elektronski mikroskop (Philips CM100) s CCD kamerami
• Krio-ultramikrotom (Leica EM FC6) in ultramikrotom (Leica)

• Konfokalni fluorescentni mikroskop (Leica TCS LSI)
• Zooscan (Hydroptics)
• Aksioskop 2 FS s sistemom za lasersko ablacijo (Zeiss)
• Invertni mikroskop Eclipse Ti z digitalno kamero in programsko opremo NIS Elements (Nikon); nadgrajen s sistemom MMI CellEctor Plus

• taksonomske, biodiverzitetne in biogeografske študije
• imunska citokemija
• imunska histokemija
• spremljanje celičnih procesov z označenimi (fluorescentnimi) substrati v živo
• test komet določanje mikrojeder
• morfološka analiza celic
• kvalitativna in kvantitativna analiza fitoplanktona, fitobentosa in zooplanktona
• preučevanje medcelične interakcije, delovanja celic in celičnih linij (embrionalni razvoj živčnega in mišičnega sistema)
• analiza fluorescentnih pripravkov za barvanje, morfološke analize celic in tkiva
• izolacija posameznih celic v obliki, primerni za nadaljnjo in vitro kulturo in nadaljnjo molekularno analizo mešanic nanolitrskega obsega (avtomatiziran nanos celic na reakcijska mikroskopska stekelca ali neposredno v epruvete za PCR, IBIDI stilne merilne komore (FISH, ICC) ali v mikrofluidne naprave)

• Stacionarni laserski vibrometer Polytec OFV 2200-L/OFV-353
• Stacionarni laserski vibrometer Polytec OFV-5000/OFV-505
• Prenosni laserski vibrometer Polytec OFV-100 (4x)
• Miniaturni vzbujevalnik Brüel & Kjær Type 4810 (9x)
• SINUS Acoustic Real-time Analysis Instrument, Samurai 2.0

• registracija in analiza komunikacijskih signalov žuželk (zvočnih in vibracijskih)
• raziskave o adaptivni naravi vibracijske komunikacije žuželk glede na mehanske lastnosti gostiteljskih rastlin
• karakterizacija mehanskih lastnosti trdnih materialov: določanje resonančnih lastnosti lesa ipd.

• Raziskovalno plovilo Sagita, SEA ARK, USA
• Čoln za vzorčenje, Carolina Skiff DLV – 258
• Oceanografska boja Vida, prototip, lasten razvoj
• Čoln za vzorčenje z daljinskim upravljanjem, prototip, Henigman d.o.o.
• Kvadkopter, Quad H2O vodoodporen RTF
• Potapljaška baza, specializirana za znanstveno potapljanje,
• Komplet za podvodno komunikacijo, Aquacom + Posedion diving system STX-101, STX-101M
• Rosette, CTD SeaBird + Ocean oprema za testiranje (Niskins)
• WTW Multiset 3430 za meritve pH, kisika in prevodnosti do globine 40 m
• Laserski analizator velikosti delcev, LISST 100X, Sequoia Scientific
• Laserski sistem za odkrivanje meduz, prototip, Salvi sp.
• Akustični velocimeter, Nortek Vector
• Prosto plavajoča boja (Drifter), prototip, Henigman d.o.o.
• Mikrostrukturna večparametrična sonda, Sea & Sun Technology GmbH
• Na plovilo nameščen akustični tokomer Acoustic Doppler Current Profiler, Rdi, Teledyne
• Na dno nameščen akustični tokomer Acoustic Doppler Current profiler, Nortek Vector
• Akustični digitalni tokovni meter OTT Acoustic Digital Current meter (ADC)
• Delta T naprava – meteorološka postaja
• Prenosni laserski vibrometer Polytec PDV 100 (3x)
• Različne naprave za vzorčenje sladkovodnih, morskih in kopenskih organizmov
• Terenska oprema za opazovanje ptic

• hitre meritve površinske temperature in slanosti
• pregled morske površine s kamero, vgrajeno na kvadkopter
• meritve in analiza velikosti delcev
• odkrivanje in štetje meduz
• meritve turbulenc
• sledenje mase površinske vode
• vzorčenje vode in sedimentov
• neprekinjene meritve različnih parametrov
• infrastruktura za znanstveno potapljanje, podpora potapljačem in komunikacija med potapljači ter med potapljači in površjem
• vertikalno profiliranje (CTD, DO, CHLa, PAR, pH) + profiliranje turbulenc (nihanja, vertikalni strig)
• vertikalno profiliranje tokov
• avtomatsko vzorčenje vodnega stolpca
• on-line dostopnost atmosferskih in morskih podatkov + možnosti za namestitev dodatnih senzorjev na oceanografski boji
• meritve hitrosti pretoka in izliva v tekočih vodah
• vzorčenje morskih, sladkovodnih in kopenskih organizmov
• odkrivanje škodljivih žuželk v bioloških materialih (zgodnje odkrivanje škodljivih in invazivnih vrst hroščev v drevesih, lesu, leseni embalaži; odkrivanje škodljivih žuželk v naravnih predmetih kulturne dediščine)
• raziskovanje ekologije ptic

• Denaturacijska gradientna gelska elektroforeza (DGGE), C.B.S. Scientific

• ločevanje produktov PCR z dvojno vijačnico podobne dolžine, vendar različno sekvenco

• Citometer, BD Biosciences, BD Accuri C6

• odkrivanje fluorokromov (FITC, PE, PerCP in APC), štetje celic, testi viabilnosti, odkrivanje cianobakterij

• Vrtljiva miza, BAMS Podnart

• geofizični laboratorijski poskusi

• ArcGIS 9.0 programska oprema za prostorsko analizo

• okoljska analiza prostorskih podatkov