Raziskave

Raziskovalna področja

Osrednjo dejavnost NIB predstavljajo tesno prepletene temeljne in aplikativne raziskave na področju bioloških ved, le-te pa se prekrivajo z drugimi področji naravoslovja, kot so kemija, fizika, informatika, agronomija, ekologija in biomedicina. Raziskave zajemajo širok spekter: od bakterij do človeka, pa tudi širša področja ekologije in varstva okolja. Ekološke raziskave zajemajo sladkovodne ekosisteme (reke, jezera in mokrišča), kopenske ekosisteme in morje. Temeljna in gospodarsko pomembna raziskovalna področja vključujejo fiziologijo bakterijskih sistemov, rastlin, nevretenčarjev in živali višjih redov, s posebnim poudarkom na biomedicini.

NIB je mednarodno priznana in cenjena ustanova, ki sodeluje v številnih evropskih in drugih mednarodnih raziskovalnih projektih. Pridobili smo sredstva za številne bilateralne in multilateralne projekte in vzpostavili partnerstva z uglednimi akademskimi in raziskovalnimi institucijami in agencijami v Evropi in svetu.

BIOLOGIJA RAKA
BIOTEHNOLOGIJA IN SISTEMSKA BIOLOGIJA
EKOLOGIJA KOPENSKIH IN VODNIH EKOSISTEMOV
EKOLOGIJA MORJA
OKOLJSKA IN GENETSKA TOKSIKOLOGIJA
VARNOST HRANE IN VARSTVO RASTLIN

preučevanje vloge rakavih matičnih celic in njihovih bioloških označevacev (npr. tetraspanin CD9) pri napredovanju in terapevtski odpornosti možganskega tumorja glioblastoma
preučevanje tumorskega mikrookolja in stromalnih celic, kot so mezenhimske matične celice, pri napredovanju raka
vzpostavitev med-regionalne tumorske banke možganskih tumorjev v okviru projekta TRANS-GLIOMA
razvoj naprednih trodimenzionalnih večceličnih modelov za preučevanje celičnih interakcij v tumorskem mikrookolju ter analizo vpliva zdravil in naravnih učinkovin
preučevanje učinkov kanabinoidov na rakave celice
in vivo model možganskih tumorjev v zarodkih rib cebric

Kontakt: projectoffice@nib.si

Reference:

Raziskovalni projekti

•    Raziskovalni program in projekti:
ARRS Program P1-0245: Ekotoksikologija, toksikogenomika in karcinogeneza (PI: T. Lah) 2000-2005-2009-2015-2019-2024.
ARRS Z3-187O: Vpliv mezenhimskih matičinih celic na odpornost glioblastoma na terapijo (Barbara Breznik; 2019-2021)
ARRS J1-71119: Biology at Structural Level of EpCAM as a Foundation for Efficient Tumor Targeting (PI B. Lenarčič, FKKT; Co-PI T.Lah, 2016-2018)
ARRS J1 6373: Dvojna vloga matičnih celic v napredovanju raka (2011‐2014)
ARRS J1‐ 0295: Apoptoza tumourskih celic kor tarča zdravljenja (2009 -2012)
ARRS L3-4328: Hipoksična neaktivnost: implikacije za odpoved srca, pljučno insuficienco in prekomerno težo (PII.Mekjavić,IJS;Co-PIT.Lah, 2011-2014)

•    Mednarodni projekti:
Interreg projekt Evropskega programa čezmejnega sodelovanja Slovenija-Italija TRANS- GLIOMA: Nove terapije glioblastoma z uporabo čezmejne raziskovalne translacijske platforme (2018-2020 so-nosilci; Mosilka Medicinska fakulteta, UL)
Projekt CNPQ Brazilskega nacionalnega sveta za tehnološki in znanstveni razvoj- CNPqc Linha 2: Pomen kinina in z njim povezanih purinergičnih signalnih poti v celicah glioblastoma ob gojenju s človeškimi mezenhimskimi matičnimi celicami (2011-2015 Univerza Sao Paolo)
Interreg Slovenija - Italija GLIOMA: Določitev novih biomarkerjev možganskih tumorjev kot diagnostičnih kazalnikov in terapevtskih tarč (2011-2015 koordinator NIB)

•    ARRS Bilaterale:
SLO B|-US/18-20-053 “Vpliv rastlinskih kanabinoidov na celična lastnosti in delovanje gliomskih, in glioblastomskih matičnih celic ter relevantnih imunskih celic” (Tamara Lah Turnšek)

SLO -US/19-21-021: Naravne celice ubijalke v imunoterapiji glioblastoma, z Univerzo v Kaliforniji Los Angeles (UCLA), ZDA, vodja Barbara Breznik in prof. Anahid Jewett v ZDA (2019-2021)

•    Gospodarstvo:
LEK-Sandoz: Rakave in stromalne celice dojke v modelih so-kultur za optimimalno imunoterapijo (2015-2017 nosilec NIB)
MGCP-Ppharmaceuticals Diagnostic platform for precision cannabinoids treatment of cancer Patients (2018-2020)

Drugo - bibliografija:
•    LAH, T. T., NOVAK, M., & BREZNIK, B. (2020). Brain malignancies: Glioblastoma and brain metastases. Seminars in Cancer Biology, 60 (October 2019), 262–273. https://doi.org/10.1016/j.semcancer.2019.10.010
•    BREZNIK, Barbara, MITROVIĆ, Ana, LAH TURNŠEK, Tamara, KOS, Janko. Cystatins in cancer progression : more than just cathepsin inhibitors. Biochimie, ISSN 0300-9084, 2019, 53 str., doi: 10.1016/j.biochi.2019.05.002.
•    BREZNIK, Barbara, MOTALN, Helena, LAH TURNŠEK, Tamara. Proteases and cytokines as mediators of interactions between cancer and stromal cells in tumours. Biological chemistry, ISSN 1431-6730, 2017, vol. 398, no. 7, str. 709-719, doi: 10.1515/hsz-2016-0283.
•    VERBOVŠEK, Urška, NOORDEN, Cornelis J. F. van, LAH TURNŠEK, Tamara. Complexity of cancer protease biology : cathepsin K expression and function in cancer progression. Seminars in cancer biology, ISSN 1044-579X. [Print ed.], 2015, vol. 35, str. 71-84, doi: 10.1016/j.semcancer.2015.08.010.
•    NEVES OLIVEIRA, Mona das, BREZNIK, Barbara, PILLAT, Micheli M., PEREIRA, Ricardo L., ULRICH, Henning, LAH TURNŠEK, Tamara. Kinins in glioblastoma microenvironment. Cancer microenvironment. 2019, DOI: 10.1007/s12307-019-00229-x.
•    Hira, V. V. V., Breznik, B., Vittori, M., Loncq de Jong, A., Mlakar, J., Oostra, R. J., … Van Noorden, C. J. F. (2019). Similarities Between Stem Cell Niches in Glioblastoma and Bone Marrow: Rays of Hope for Novel Treatment Strategies. Journal of Histochemistry and Cytochemistry, 68(1). https://doi.org/10.1369/002215541987841]
•    Bonturi, C. R., Silva, M. C. C., Motaln, H., Salu, B. R., da Silva Ferreira, R., Batista, F. P., … Oliva, M. L. V. (2019). A Bifunctional Molecule with Lectin and Protease Inhibitor Activities Isolated from Crataeva tapia Bark Significantly Affects Cocultures of Mesenchymal Stem Cells and Glioblastoma Cells. Molecules, 24(11). https://doi.org/10.3390/molecules2411210
•    BREZNIK, B., LIMBAECK STOKIN, C., KOS, J., KHURSHED, M., HIRA, V. V. V, BOŠNJAK, R., … VAN NOORDEN, C. J. F. (2018). Cysteine cathepsins B, X and K expression in peri-arteriolar glioblastoma stem cell niches. Journal of Molecular Histology, 49(5), 481–497. https://doi.org/10.1007/s10735-018-9787-y
•    TOMC, Jana, KOLOŠA, Katja, ŽEGURA, Bojana, KAMENŠEK, Urška, BREZNIK, Barbara, LAH TURNŠEK, Tamara, FILIPIČ, Metka. Adipose tissue stem cell-derived hepatic progenies as an in vitro model for genotoxicity testing. Archives of toxicology, 2018, 11p doi: 10.1007/s00204-018-2190-3
•    BONTURI, Camila, MOTALN, Helena, LAH TURNŠEK, Tamara, et al. Could a plant derived protein potentiate the anticancer effects of a stem cell in brain cancer?. Oncotarget, ISSN 1949-2553, 2018, vol. 9, 30, p 21296-21312, doi: 10.18632/oncotarget.25090.
•    NEVES OLIVEIRA, Mona das, PILLAT, Micheli M., MOTALN, Helena, ULRICH, Henning, LAH TURNŠEK, Tamara. Kinin-B1 receptor stimulation promotes invasion and is involved in cell-cell interaction of co-cultured glioblastoma and mesenchymal stem cells. Scientific reports, ISSN 2045-2322, 2018, 8,p. 1299-1-1299-16, doi: 10.1038/s41598-018-19359-1.

uporaba tehnologij, «omskih« pristopov (qPCR, mikročipi, proteomika, metabolomika, sekvenciranje naslednje generacije)
- interakcija rastlina-virus in rastlina-insekt
- ekotoksikologija
- razvoj zdravil in karakterizacija biofarmacevtskih proizvodnih sevov
analiza in integracija podatkov (qPCR, digitalni PCR, mikromreže, proteomika, sekvenciranje naslednje generacije)
modeliranje bioloških procesov
koncentriranje in čiščenje virusov
vrednotenje aktivnosti protimikrobnih snovi
izražanje rekombinantnih proteinov v rastlinah
kontrola čistosti biotehnoloških proizvodov
razvoj visokozmogljivih tehnologij za proizvodnjo bioaktivnih spojin iz alg in cianobakterij

Kontakt: projectoffice@nib.si


References: Mednarodni raziskovalni projekti: ISBE (Infrastructure for Systems Biology - Europe) – FP7 (2012-2015) DECHATLON (Development of Cost efficient Advanced DNA-based methods for specific Traceability issues and High Level On-site applicatioNs) – FP7 (in negotiation phase) CYTOTHREAT (Fate and effects of cytostatic pharmaceuticals in the environment and the identification of biomarkers for and improved risk assessment on environmental exposure) - FP7 (2011-2014) INTERFACES (Support for training and career development of researchers) – FP7 (2014-2017) ELIXIR (FP7 European life-sciences Infrastructure for biological Information); member Drugo - bibliografija: Baebler Š., Stare K., Kovač M., Blejec A., Prezelj N., Stare T., Kogovšek P., Pompe-Novak M., Rosahl S., Ravnikar M., Gruden K.: Dynamics of responses in compatible potato-Potato virus Y interaction are modulated by salicylic acid. PLoS One. 2011; 6(12):e29009. Petek M., Turnšek N., Gašparič M.B., Novak M.P., Gruden K., Slapar N., Popovič T., Štrukelj B., Gruden K., Štrukelj B., Jongsma M.A.: A complex of genes involved in adaptation of Leptinotarsa decemlineata larvae to induced potato defense. Arch Insect Biochem Physiol. 2012 Mar; 79(3):153-81 Ramšak Ž., Baebler Š., Rotter A., Korbar M., Mozetic .I, Usadel B., Gruden K.: GoMapMan: integration, consolidation and visualization of plant gene annotations within the MapMan ontology. Nucleic Acids Res. 2013; (doi:10.1093/nar/gkt1056). Miljkovic D., Stare T., Mozetič I., Podpečan V., Petek M., Witek K., Dermastia M., Lavrač N., Gruden K.: Signalling network construction for modelling plant defence response. PLoS One. 2012; 7(12):e51822. Bar-Dror T., Dermastia M., Kladnik A., Znidaric M.T., Novak M.P., Meir S., Burd S., Philosoph-Hadas S., Ori N., Sonego L., Dickman M.B., Lers A.: Programmed cell death occurs asymmetrically during abscission in tomato. Plant Cell. 2011 Nov; 23(11):4146-63. Steyer A., Gutiérrez-Aguire I., Kolenc M., Koren S., Kutnjak D., Pokorn M., Poljsak-Prijatelj M., Racki N., Ravnikar M., Sagadin M., Fratnik Steyer A., Toplak N.: High similarity of novel orthoreovirus detected in a child hospitalized with acute gastroenteritis to Mammalian orthoreoviruses found in bats in Europe. J Clin Microbiol. 2013 Nov;51(11):3818-25 Erjavec J., Kos J., Ravnikar M., Dreo T., Sabotič J.: Proteins of higher fungi - from forest to application. Trends Biotechnol. 2012 May; 30(5):259-73.

biotska raznovrstnost in ekobiogeografija
- sistematika vodnih in kopenskih živalskih vrst (raki (Crustacea), hrošči (Coleoptera) in ptice (Aves)
- ocena stanja biotske raznovrstnosti
- baze podatkov o pojavljanju vrst z GIS podporo
- modeliranje razširjenosti živalskih vrst v preteklosti in napovedovanje ob različnih scenarijih
okoljska fiziologija
- fiziološki odziv izbranih vrst na temperaturo, onesnaženje ali druge okoljske gradiente
  - meritve porabe kisika (dihanje) pri vodnih biofilmih in nevretenčarjih
  - delovanje dehidrogenaze (delovanje transportnega sistema elektronov – ETS (kot merilo potencialnega dihanja) pri vodnih biofilmih in nevretenčarjih
  - meritve oksidativnega stresa (aktivnost katalaze)
medvrstne interakcije
invazivne tujerodne vrste rakov in njihov vpliv na avtohtone vrste: ekološki vidik (izbor habitata, velikost ekološke niše), fiziološki vidik (merjenje metabolne aktivnosti vrst s spreminjanjem temperaturnega gradienta in gradienta vlažnosti) in patološki vidik (identifikacija divjih populacij okuženih z račjo kugo Aphanomyces astaci)
interakcija vrst z okoljem
- vplivi sodobnih kmetijskih praks na populacije ptic kmetijskih zemljišč
raziskave sladkovodnih ekosistemov
- dolgoročne ekološke raziskave o visokogorskih jezerih: vpliv podnebnih sprememb
- poplavne ravnice v alpskem svetu: razvoj funkcionalnih kazalnikov procesov v ekosistemih
- kraški podzemni ekosistemi z epikrasom: pojavljanje vrst, izbor habitata, povezanost habitatov, endemične vrste, speciacija
- ekosistemi aluvialnih podzemnih voda - okoljske omejitve za podzemno favno, povezanost s površinskimi vodami, vloga rečnega pretoka
- hiporeik - funkcionalna vloga v rečnem ekositemu, funkcionalni indikatorji kot merilo odziva na stresorje, povzročene s strani človeka (raba obrečnega prostora, morfološke spremembe rečne struge in spremembe pretokov)
aplikativna ekologija
- razvoj ukrepov ohranjanja ogroženih vrst ali habitatov
- smernice za trajnostno rabo sladkovodnih in kopenskih ekosistemov in ublažitev navzkrižja interesov
- strategije in ukrepi za spopadanje z invazivnimi tujerodnimi vrstami sladkovodnih živali in rastlin
- ocena vplivov podnebnih sprememb na organizme (fiziološka toleranca) in ekosisteme (sladkovodni in kopenski nevretenčarji, ptice) in njihovo senzibilnost / ranljivost
- okoljevarstvena ocena stanja sladkovodnih ekosistemov (podtalnice, jezera, reke)
- ocena toksikoloških lastnosti kompleksnih okoljskih vzorcev (površinskih voda, industrijskih in komunalnih odpadnih voda)
- prepoznavanje in odkrivanje rastlinskih, človeških in bakterijskih virusov v vodnih okoljih
vedenjska ekologija in nevrobiologija
- zaznavanje in analiza komunikacijskih signalov žuželk (vibracijski in kemični signali)
- vpliv vedeja in komunikacijskih signalov na izolacijo vrst
- analiza znotraj vrstnih in medvrstnih interakcij v naravnem okolju (komunikacijska omrežja; vedenjski in molekularni pristopi)
- raziskovanje vpliva pesticidov in bolezni na vedenje in fiziologijo žuželk
- nevrobiološki nivo vibracijske komunikacije kot podlage vedenjskih odzivov žuželk, razvoj nevronskih mrež
biotska raznovrstnost žuželk, invazivne vrste in globalne podnebne spremembe
- razvoj orodij za masovno in vrstno-specifično detekcijo in monitoring žuželčjih vrst, ki temeljijo na bioakustičnih in biokemijskih metodah
- razvoj tehnik za monitoring opraševalcev
- proučevanje raznovrstnosti vrst in populacij, ki temelji na molekularno-genetskih, bioakustičnih in biokemijskih metodah

Kontakt: projectoffice@nib.si


Reference: Mednarodni raziskovalni projekti: SILMAS (Sustainable Instruments for lakes management in the alpine space) – Alpine Space (2009-2012) Alp-Water-Scarce (Alp-Water-Scarce Water Management Strategies against Water Scarcity in the Alps)- Alpine Space (2008-2011) HYDROKARST (Karst aquifer as a strategic cross-border water resource) - Slovenia- Italy Cross-Border Cooperation Programme (2012-2015) PESI (A Pan-European Species-directories Infrstructure) - FP7 (2008-2011) Drugo - bibliografija: Kušar D., Vrezec A., Ocepek M., Jenčič V.: Aphanomyces astaci in wild crayfish populations in Slovenia: first report of persistent infection in a stone crayfish Austropotamobius torrentium population. 2013. Dis. aquat. org., 103:157-169. Galassi D.M.P., Stoch F., Brancelj A.: Dissecting copepod diversity at different spatial scales in southern European groundwater. 2013. J. Nat. Hist. 47: 821-840. Homburg K., Drees C., Gossner M. M., Rakosy L., Vrezec A., Assmann T.: Multiple glacial refugia of the low-dispersal ground beetle Carabus irregularis: molecular data support predictions of species distribution models. 2013. PloS one: 8: e61185. Brancelj A., Žibrat U., Mezek T., Rejec Brancelj I., Dumont H.: Consecutive earthquakes temporarily restructured the zooplankton community in an Alpine Lake. 2012. Ann. Limnol. 48: 113-123. Mori N., Simčič T., Žibrat U., Brancelj A.: The role of river flow dynamics and food availability in structuring hyporheic microcrustacean assemblages: a reach scale study. 2012. Fundam. appl. limnol. 180: 335-349. Simčič T., Pajk F., Vrezec A., Brancelj A.: Size scaling of whole-body metabolic activity in the noble crayfish (Astacus astacus) estimated from measurements on a single leg. 2012. Freshw. Biol. 57: 39-48. Tome D., Denac D.: Survival and development of predator avoidance in the post-fledging period of the Whinchat (Saxicola rubetra): consequences for conservation measures. 2012. J. Ornithol. 153:131-138. Bevk D., Kralj J., Čokl A.: Coumaphos affects food transfer between workers of honeybee. 2012. Apis mellifera. Apidologie. 43, 465-470 De Groot M., Čokl A., Virant-Doberlet M.: Species identity cues: possibilities for errors during vibrational communication on plant stems. 2011. Behav. ecol. 22, 1209-1217. Stritih N., Čokl A.: Mating behaviour and vibratory signalling in non-hearing cave crickets reflect primitive communication of Ensifera. PloS one, 2012, 7(10) e47646. Virant-Doberlet M., King R. A., Polajnar J., Symondson W.: Molecular diagnostics reveal spiders that exploit prey vibrational signals used in sexual communication. 2011. Mol. ecol. 20 (10): 2204-2216. Zorović M.: Temporal processing of vibratory communication signals at the level of ascending interneurons in Nezara viridula (Hemiptera: Pentatomidae). 2011. PLOS One 6(10): e26843. Žunič A., Chinta S. P., Headrick D., Čokl A., Millar J. G.: Do chemical signals mediate reproductive behavior of Trupanea vicina, an emerging pest of ornamental marigold production in California?. Entomol. exp. appl. (Print), 2013, vol., no. , 13 str., [in press] Bluemel J. K., King R. A., Virant-Doberlet M., Symondson W. O. C.: Primers for identification of type and other archived specimens of Aphrodes leafhoppers (Hemiptera, Cicadellidae). 2011. Mol. ecol. resour., 11 (5), 770-774. Ray A. M., Žunič A.: 2,3-hexanediols as sex attractants and a female-produced sex pheromone for cerambycid beetles in the prionine genus Tragosoma. 2012. J. chem. ecol., 38 (9) 1151-1158. Mehle N., Ravnikar M.: Plant viruses in aqueous environment - survival, water mediated transmission and detection. Water Res. 2012 Oct 15;46(16):4902-17

morska akvakultura – vpliv na okolje
- sledenje kroženja hranil z uporaba stabilnih izotopov
- sledenje povezav znotraj prehranske mreže z uporabo stabilnih in radioaktivnih izotopov
ekološko stanje morskega okolja
- ocena ekološkega stanja morskega okolja s pomočjo različnih bioloških parametrov (metodologija za vrednotenje ekološkega stanja z uporabo fitoplanktonskih parametrov, kot so: biomasa, številčnost in razmerje vrst in pogostost cvetenja)
kemijski in biokemijski procesi v morskem okolju
ekologija in okoljska fiziologija različnih vrst škodljivega cvetenja alg, posledičnih diaroičnih zastrupitev s školjkami , razvoj celovitega nadzora cvetenja alg za zaščito virov
identifikacija in modeliranje morske biotske raznovrstnosti in identifikacija strukture morske mikrobne združbe z uporabo modernih molekularnih pristopov in bioinformatskih orodij
- evolucija genoma pri ožigalkarjih (evolution of genes in Cnidarians)
fizikalna oceanografija obalnih voda
operativna oceanografija

Kontakt: projectoffice@nib.si


Reference: Mednarodni raziskovalni projekti: : MyOcean (Prototype Operational Continuity for the GMES Ocean Monitoring and Forecasting Service) – FP7 (2009-2012) SEADATANET (Pan-European infrastructure for ocean and marine data Management) – FP7 (2006-2011) RADAR (Rationally Designed Aquatic Receptors integrated in label-free biosensor platforms for remote surveillance of toxins and pollutants) – FP7 (2011-2014) PERSEUS (Policy-oriented marine Environmental Research in the Southern European Seas) – FP7 (2012-2015) SEADATANET II (Pan-European infrastructure for ocean and marine data Management) – FP7 (2011-2015) MyOcean 2 (Prototype Operational Continuity for the GMES Ocean Monitoring and Forecasting Service) – FP7 (2012-2014) MARINE CLEAN (Marine Debris Removal and Preventing Further Litter Entry) – program Eco Innovation – Eco Innovation (2011-2014) SMS (Sensing toxicants in Merine waters makes Sense using biosensors) – FP7 (2014-2017) INTERFACES (Support for training and career development of researchers) – FP7 (2014-2017) TRECORALA (Reefs And Koraligen Northern Adriatic: Evaluation And Sustainable Management In The Gulf Of Trieste) – Slovenia- Italy Cross-Border Cooperation Program (2012-2014) HAZADR (Strengthening common reaction capacity to fight sea pollution of oil, toxic and hazardous substances in Adriatic Sea) – IPA (2012-2015) SeaDataCloud (Pan-European infrastructure for ocean and marine data Management) - EU H2020 programme - (2016-2020) EMODNET Chemistry 2 (European Marine Observation and Data Network ) – DG MARE (2013-2016) EMODNET Chemistry 3 (European Marine Observation and Data Network ) – DG MARE (2017-2019) EMODNET Data Ingestion (European Marine Observation and Data Network ) – DG MARE (2017-2019) Drugo - bibliografija: Malačič V., Petelin B.: Climate circulation in the Gulf of Trieste (northern Adriatic). J. geophys. res., 2009, vol. 114, str. 1-15 Grego M., De Troch M., Forte J., Malej A.: Main meiofauna taxa as an indicator for assessing the spatial and seasonal impact of fish farming. Mar. pollut. bull., 2009, št. 8, str. 1178-1186 Kovač N., Kukovec K., Falnoga I., Mozetič P., Bajt O.: Carbon and nitrogen isotope composition of particulate organic matter in relation to mucilage formation in the Northern Adriatic sea. Mar. Chem., 2009, vol 114, str. 102-109 Stopar K., Ramšak A., Trontelj P., Malej A.: Lack of genetic structure in the jellyfish Pelagia noctiluca (Cnidaria: Scyphozoa: Semaeostomeae) across European seas. 2010. Mol. phylogenet. evol. 57: str. 417-428 MOZETIČ P., C. SOLIDORO, G. COSSARINI, G. SOCAL, R. PRECALI, J. FRANCÉ et al. Recent trends towards oligotrophication of the Northern Adriatic. 2010. Estuaries and coasts 33: str. 362-375, Drinovec L., Flander Putrle V., Knez M., Beran A., Berden Zrimec M.: Discrimination of marine algal taxonomic groups using delayed fluorescence spectroscopy. 2010. Environ. exp. bot. str. 1-12 Mozetič P., Francé J., Kogovšek T., Talaber I., Malej A.: Plankton trends and community changes in a coastal sea (northern Adriatic): Bottom-up vs. Top-down control in relation to environmental drivers. 2012. Esturanine, Costal and Shelf science 115. str. 138-148 Malačič V., Petelin B., Vodopivec M.: Topographic control of wind-driven circulation in the northern Adriatic. 2012. Journal of Geophysical Research, Volume 117, Issue C6, June 2012 Tinta T, Kogovšek T, Malej A, Turk V.: Yellyfish modulate bacterial dynamic and community structure. 2012. PLoS ONE 7(6): e39274. PETELIN, Boris, KONONENKO, Igor, MALAČIČ, Vlado, KUKAR, Matjaž. Multi-level association rules and directed graphs for spatial data analysis. Expert systems with applications, 2013, vol. 40, issue 12, str. 4957-4970. PETELIN, Boris, KONONENKO, Igor, MALAČIČ, Vlado, KUKAR, Matjaž. Dynamic fuzzy paths and cycles in multi-level directed graphs. Engineering applications of artificial intelligence, 2014, vol. 37, str. 194-206

učinki škodljivega cvetenja alg / cianobakterij in njihovih toksinov na vodni ekosistem
- raziskava o razširjenosti škodljivega cvetenja alg v različnih regijah, ki bo presegala že proučevane vrste in toksine
- razvoj učinkovitih metod za odkrivanje, prepoznavanje in spremljanje toksičnih cianobakterij in cianotoksinov (zaznavanje z robotom na daljavo in blizu)
(eko)toksikološke študije (testiranje v skladu s standardi OECD in ISO) bakterij, alg, cianobakterij, vodnih bolh, zarodkov cebric
vodni ekosistemi in učinki onesnaževanja (genotoksini, endokrini motilci, citostatiki)
ocena nevarnosti za zdravje ljudi zaradi izpostavljenosti strupom naravnega in antropogenega nastanka
raziskave mehanizmov delovanja genotoksičnih snovi naravnega in antropogenega nastanka
razvoj visoko-zmogljivih sistemov za testiranje genotoksičnosti in za hitro odkrivanje genotoksičnih snovi
testiranje genotoksičnosti v skladu s pogoji DLP (dobre laboratorijske prakse)
raziskave mehanizmov anti-genotoksičnih snovi za potencialno preventivo pred rakavimi obolenji

Kontakt: projectoffice@nib.si


Reference: Mednarodni raziskovalni projekti: CYTOTHREAT (Fate and effects of cytostatic pharmaceuticals in the environment and the identification of biomarkers for and improved risk assessment on environmental exposure) - – FP7 (2011-2014) LIFE Stop CyanoBloom (Innovative Technology for Cyanobacterial Bloom Control) – LIFE+ (2013-2016) Drugo - bibliografija: Ding Y., Gan N., Li J., Sedmak B., Song L.: Hydrogen peroxide induces apoptotic-like cell death in Microcystis aeruginosa (Chroococcales, Cyanobacteria) in a dose-dependent manner. Phycologia, 2012, vol. 51, no. 5, str. 567-575, Sedmak B., Carmeli S., Pompe Novak M., Tušek-Žnidarič M., Grach-Pogrebinsky O., Eleršek T., Žužek M. C., Bubik A., Frangež R.: Cyanobacterial cytoskeleton immunostaining: the detection of cyanobacterial cell lysis induced by planktopeptin BL1125. J. plankton res., 2009, vol. 31, no. 11, str. 1321-1330. http://dx.doi.org/10.1093/plankt/fbp076, Štraser A., Filipič M., Gorenc I., Žegura, B.: The influence of cylindrospermopsin on oxidative DNA damage and apoptosis induction in HepG2 cells. Chemosphere (Oxford). [Print ed.], 2013, vol. 92, issue 1, str. 24-30 Pezdirc M., Žegura B., Filipič M.: Genotoxicity and induction of DNA damage responsive genes by food-borne heterocyclic aromatic amines in human hepatoma HepG2 cells. Food chem. toxicol., 2013, vol. 59, str. 386-394 Avberšek M., Žegura B., Filipič M., Uranjek Ževart N., Heath E.: Determination of estrogenic potential in waste water without sample extraction. J. hazard. mater. [Print ed.], 2013, vol. 260, str. 527-533 Štraser A., Filipič M., Novak M., Žegura B.: Double strand breaks and cell-cycle arrest induced by the cyanobacterial toxin cylindrospermopsin in HepG2 cells. Mar. drugs, 2013, vol. 11, no. 8, str. 3077-3090. http://www.mdpi.com/1660-3397/11/8/3077 Fic A., Žegura B., Sollner Dolenc M., Filipič M., Peterlin-Mašič L.: Mutagenicity and DNA damage of bisphenol A and its structural analogs = Mutagenost in poškodbe DNA povzročene z bisfenolom A in njegovimi strukturnimi analogi. Arh. hig. rada toksikol., 2013, vol. 66, no. 2, str. 189-200. http://hrcak.srce.hr/index.php?show=clanak&id_clanak_jezik=152768 Blagus T., Zager V., Cemazar M., Sersa G., Kamensek U., Zegura B., Nunic J., Filipic M.: A cell-based biosensor system HepG2CDKN1A–DsRed for rapid and simple detection of genotoxic agents. Biosensors and Bioelectronics, 2014, vol. 61, str. 102-111

identifikacija potencialnih naravnih zaščitnih spojin v hrani ter njihova uporaba v živilih
varstvo rastlin z alternativnimi biološkimi metodami nadzora
- razvoj orodij za manipuliranje vedenja žuželčjih vrst in vpliv na reprodukcijski uspeh
- raziskovanje žuželk kot potencialnih bioloških kontrolnih agensov
laserska tehnologija v bioloških sistemih
- odkrivanje škodljivih žuželk v bioloških materialih z lasersko vibrometrijo
- karakterizacija mehanskih lastnosti trdnih snovi
interakcije med rastlinami in žuželkami
- raziskave prilagodljivosti vibracijske komunikacije žuželk v povezavi z mehanskimi lastnostmi gostiteljskih rastlin
- raziskovanje procesa opraševanja
interakcija med rastlinami in mikroorganizmi
- biologija rastlinskih patogenih mikroorganizmov
- odziv gostiteljskih rastlin
zdravje rastlin
- odkrivanje rastlinskih povzročiteljev bolezni po ISO / IEC 17025 in EPPO standardih
- razvoj novih diagnostičnih metod in pristopov na kraju samem za koncentriranje in čiščenje virusov z uporabo CIM kromatografije, kvantitativnega in digitalnega PCR, LAMP, VLP tehnologije, črtnih kod
gensko spremenjeni organizmi
- razvoj metod za odkrivanje GSO
- absolutna kvantifikacija GSO z uporabo tehnologije digitalnega PCR
- funkcijska genomika

Kontakt: projectoffice@nib.si


Reference: Mednarodni raziskovalni projekti: Q-DETECT (Quarantine Pest Detection for Use by National Plant Protection Organizations (NPPO) And Inspection Services ) – FP7 (2010-2013) VITISENS (Cost-Effective Hand-Held Device for Rapid In-Field Detection of Flavenscence Doree Phytoplasma in Grapevines) – FP7 (2011-2013) BICOPOLL (Targeted Precision Biocontrol and Pollination Enhancement in Organic Cropping Systems) - ERA-NET (2011-2014) GMO-SEEK (Development of Screening Methods for GMOs) - ERA-NET (2009-2011) GMO-VAL (Validation of Detection Methods for GMOs) – ERA-NET (2013-2015) INFECT-MET (Metrology For Monitoring Infectious Diseases, Antimicrobial Resistance, And Harmfull Microorganisms) – EURAMET (2012-2015) Bio-SiTrace (Traceability for biologically relevant molecules and entities) – EURAMET (2013-2016) DECHATLON (Development of Cost efficient Advanced DNA-based methods for specific Traceability issues and High Level On-site applicatioNs) – FP7 (2014-2016) Drugo - bibliografija: Eriksson A., Anfora G., Lucchi A., Lanzo F., Virant-Doberlet M., et al. (2012) Exploitation of Insect Vibrational Signals Reveals a New Method of Pest Management. PLoS ONE 7(3): e32954. Soroker V., Suma P., La Pergola A., Cohen Y., Alchanatis V., Golomb O., Goldshtein E., Hetzroni A., Galazan L., Kontodimas D., Pontikakos C., Zorovic M., Brandstetter M.: Early detection and monitoring of the Red palm weevil: Approaches and challenges. Proceedings of the Palm pest Mediterranean conference, 2013. Nice, 16th-18th January Polajnar J., Svenšek D., Čokl A.: Resonance in herbaceous plant stems as a factor in vibrational communication of pentatomid bugs (Heteroptera: Pentatomidae). Journal of the Royal Society interface, 2012, vol. 9, no. 73, str. 1898-1907. http://dx.doi.org/10.1098/rsif.2011.0770 Prezelj N., Nikolić P., Gruden K., Ravnikar M., Dermastia M.: Spatiotemporal distribution of flavescence dorée phytoplasma in grapevine. Plant Pathology, 2013, 62, 760–6. Lenarcic, R., Morisset, D., Mehle, N., Ravnikar, M.: Fast real-time detection of Potato spindle 462 tuber viroid by RT-LAMP. Plant Pathol. 2012, 62 (5), 1147-1156. Rupar M, Kogovšek P, Pompe-Novak M, Gutiérrez-Aguirre I, Delaunay A, Jacquot E, Ravnikar M.: Assessment of SNaPshot and single step RT-qPCR methods for discriminating Potato virus Y (PVY) subgroups. J Virol Methods. 2013 Apr;189(1):93-100 Huber I.C., Block A., Sebah D., Debode F., Morisset D., Grohmann L., Berben G., Stebih D., Milavec M., Zel J., Busch U.: Development and Validation of Duplex, Triplex and Pentaplex Real-time PCR Screening Assays for the Detection of Genetically Modified Organisms in Food and Feed. 2013. J Agric Food ChemAug 24. [Epub ahead of print] Morisset D., Štebih D., Milavec M., Gruden K., Žel J.: Quantitative analysis of food and feed samples with droplet digital PCR. PloS one, 2013, vol. 8, issue 5, p. e62583 Žel J., Milavec M., Morisset D., Plan D., Eede G.V.D, Gruden K.: How to reliably test for GMOs, (Springer briefs in food, health, and nutrition). New York [etc.]: Springer, 2012. X, 100 p., ilustr. ISBN 978-1-4614-1389-9. Milavec, M., Dobnik, D., Yang, L., Zhang, D., Gruden, K., Žel, J.: GMO quantification : valuable experience and insights for the future. Analytical and bioanalytical chemistry, ISSN 1618-2642, 2014, vol. , no. , 13 str., [in press], doi: 10.1007/s00216-014-8077-0. Morisset, D., Kralj Novak, P., Zupanič, D., Gruden, K., Lavrač, N., ŽEL, J.: GMOseek : a user friendly tool for optimized GMO testing. BMC bioinformatics, ISSN 1471-2105, avg. 2014, vol. 15, no. 258. http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-15-258, doi: 10.1186/1471-2105-15-258. Pavšič, J., Devonshire, A. S., Parkes, H. C., Schimmel, H., Foy, C. A., Karczmarczyk, M., Gutierrez-Aguirre, I., Honeyborne, I., Huggett, J. F., Mchugh, T. D., Milavec, M., Zeichhardt, H., Žel, J.: Standardising clinical measurements of bacteria and viruses using nucleic acid tests. Journal of clinical microbiology, ISSN 0095-1137, 2014, vol. , no. , 26 str., [in press], doi: 10.1128/JCM.02136-14.