V Ljubljani je od 3. - 6. decembra 2013 potekala mednarodna delavnica za visoko tehnološke raziskave in molekularno diagnostiko rastlinskih povzročiteljev bolezni z uporabo metode PCR v realnem času, kjer so naši strokovnjaki svoje znanje in izkušnje delili z raziskovalci iz mnogih evropskih držav (Avstrija , Velika Britanija , Francija , Poljska, Finska , Litva, Latvija , Črna gora in Slovenija). Delavnica je potekala v soorganizaciji Nacionalnega inštituta za biologijo (NIB) in podjetja BioSistemika d.o.o v sodelovanju z evropskim projektom Bicopoll.

qPCR delavnice združujejo odlično tehnično znanje z bogatimi praktičnimi izkušnjami v oblikovanju, validaciji in uporabi metode PCR v realnem času na področju diagnostike in raziskav v rastlinski patologiji. Delavnica vključuje osnove in najnovejša znanja. Poseben del je namenjen svetovanju udeležencem pri reševanju težav, ki jih opažajo v svojih poskusih.

Datumi qPCR delavnic v naslednjem letu bodo objavljeni na: http://www.biosistemika.com/workshops

Prof. dr. Maja Ravnikar, NIB, je vodja Oddelka za biotehnologijo in sistemsko biologijo. S svojo raziskovalno ekipo je osnovala raziskovalno dejavnost na področju rastlinske biotehnologije in patologije ter razvila mnoge nove diagnostične metode in nova orodja sistemske biologije. Vodi s strani Ministrstva za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano pooblaščen diagnostični laboratorij za določanje mikroorganizmov v rastlinah, ki tesno sodeluje s Fitosanitarno inšpekcijo RS in različnimi podjetji. Je članica Skupine za diagnostiko in zagotavljanje kakovosti v Evropski in Mediteranski organizaciji za varstvo rastlin (EPPO).

Dr. Tanja Dreo, NIB, je odlična fitobakteriologinja z obširnim znanjem o biologiji za rastline patogenih bakterij, metod s katerimi jih lahko določamo in njihove validacije. Svoje več kot desetletne izkušnje s področja varstva rastlin redno deli s sodelovanjem v Sloveniji in v tujini, kot predavateljica na različnih izobraževanjih in svetovalka. Metoda, ki jo je razvila v okviru doktorske študije, PCR v realnem času za določanje bakterije Xylophilus ampelinus (Dreo et al., 2007), je prva metoda PCR v realnem času, ki je bila sprejeta v diagnostične protokole Evropske in Mediteranske organizacije za vastvo rastlin, EPPO (PM 7/96 (1)).

Mag. Nataša Mehle, NIB, je raziskovalka na področju virusnih in fitoplazemskih bolezni vinske trte. Ima več kot deset let izkušenj v razvoju metod za določanje novih škodljivih organizmov (virusov, fitoplazem in viroidov), raziskovanju njihove biologije in interakcij z gostiteljskimi rastlinami. Ima vrhunske izkušnje v optimizaciji diagnostičnih procesov kar je vodilo v občutno krajši čas potreben za določanje škodljivih organizmov kot sta fitoplazmi Flavescence Dorée and Bois Noire z uporabo PCR v realnem času.

Dr. Manca Pirc je biologinja s specializiranimi znanji molekularno-bioloških detekcijskih metod določanja fitopatogenih bakterij, razvoja metod in njihove evalvacije za potrebe raziskovalne in diagnostične dejavnosti. V okviru svoje doktorske teze je razvila metodo PCR v realnem času za določanje bakterije Erwinia amylovora (Pirc et al., 2009), ki povzroča bakterijski hrušev ožig. Ta metoda je bila na delavnici prikazana kot eden od primerov za občutljivo in kvantitativno določanje karantenskih bakterij v rastlinskih vzorcih.

Dr. Špela Baebler, NIB, je biologinja z bogatimi izkušnjami na področju raziskovanja izražanja genov v interakciji rastlin s povzročitelji bolezni, še posebej v interakciji krompirja in krompirjevega virusa Y (Baebler et al, 2009). Vključena je tudi v razvoj in vzpostavitev transkriptomskih metiod (laboratorijskih kot tudi metod za analizo integracijo in interpretacijo podatkov) na področju rastlinske biologije in farmacije V BioSistemiki vodi organizacijo delavnic s področja PCR v realnem času.

Biologinja dr. Urška Čepin, BioSistemika d.o.o., je strokovnjakinja na področju rastlinske virologije in metode PCR v realnem času. Med doktorskim študijem je razvila in validirala metodo PCR v realnem času za detekcijo in kvantifikacijo virusa pahljačavosti listov vinske trte (Grapevine fanleaf virus, GFLV), ekonomsko najpomembnejšega virusa v vinogradništvu (Čepin et al., 2010). Ravno na tem primeru so udeleženci v praksi spoznali metodo relativne kvantifikacije. Je asistentka raziskav in razvoja v BioSistemiki, kjer dela na razvoju aplikacij za automatizacijo diagnostičnih protokolov.

Dr. Matjaž Hren, BioSistemika d.o.o., je biolog specializiran za moderne pristope v transkriptomiki, ki so bili v povezavi z metodami PCR v realnem času tudi tema njegove doktorske disertacije na Nacionalnem inštitutu za biologijo. Ima bogate izkušnje s področja zagotavljanja kakovosti v laboratorijskem okolju in optimizacije procesov. Je vodja raziskav in razvoja v podjetju BioSistemika d.o.o.