NIB

Znanstveno raziskovanje sem začel na področju rastlinske biologije s proučevanjem tristranske interakcije med krompirjem, koloradskih hroščem in virusom krompirja Y. Preučeval sem mehanizme rastlinske obrambe, prilagoditev hroščevih prebavil na obrambne molekule krompirja ter vpliv virusne okužbe na interakcijo med rastlino in hroščem. Že takrat sem se navdušil nad metodami, ki omogočajo spremljanje izražanja velikega števila genov, najprej nad DNA mikromrežami, pozneje visokozmogljivostnim sekvenciranjem RNA (RNA-Seq). Obdelave podatkov RNA-Seq ter drugih omskih pristopov (genomika, proteomika, metabolomika) predstavljajo glavnino mojega raziskovalnega dela. V zadnjem času se navdušujem nad tehnologijo sekvenciranja z nanoporami (Oxford Nanopore Technologies).



V okviru postdoktorskega projekta 'RNAinVAL' (2014-2017) sem začel raziskovati uporabo RNA interference (RNAi) z namenom zatiranja škodljivcev. Načrtoval sem dvoverižne RNA (dsRNA), vzpostavil sistem za preverjanje njihove učinkovitosti in preučeval mehanizme delovanja dsRNA na transkriptom koloradskega hrošča. V sodelovanju s skupino dr. Razingerja iz Kmetijskega inštituta Slovenje testiramo učinkovitost dsRNA za zatiranje koloradskega hrošča tudi v poljskih poskusih.



Na oddelku sem del bioinformatske in sistemsko biološke ekipe, kjer razvijamo nove bioinformatske analizne postopke in programe (npr. quantGenius, DiNAR), sistem za upravljanje s podatki raziskovalnih projektov pISA-tree ter omrežja in matematične modele rastlinskega imunskega sistema.

Z izkušnjami iz področja analize in urejanja podatkov sem prispeval tudi k raziskavam v nacionalnih projektih z industrijskimi partnerji v okviru konzorcijev KC BRIN (ERDF, 2010-2013) in BioPharm.Si (SPS, 2016-2020).

Sodeloval sem v evropskih projektih DECATHLON (EU FP7, 2013-2016), SUSPHIRE (H2020 ERACoBioTech, 2018-2021) in ADAPT (H2020, 2020-2023) v katerih so bile moje glavne naloge svetovanje pri načrtovanju bioloških poskusov, bioinformatska in statistična obdelava podatkov iz visokozmogljivostnega sekvenciranja in interpretacija rezultatov. Mednarodne izkušnje sem pridobival tudi na znanstvenih konferencah, srečanj v okviru COST akcij »iPlanta« in »CAMo Interactions« ter delu v laboratorijih v tujini.

 

 
IZOBRAZBA:
2012 Doktor bioloških in biotehniških znanosti (smer biotehnologija)
Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani
Naslov: Interakcije med krompirjem (Solanum tuberosum L.), krompirjevim virusom Y (PVY) in koloradskim hroščem (Leptinotarsa decemlineata Say) na molekularnem nivoju

2007 Magister farmacije
Fakulteta za farmacijo, Univerza v Ljubljani
Naslov: Uporaba metabolnih mrež pri globalni analizi transkriptoma bakterije Staphylococcus aureus
 
DELOVNE IZKUŠNJE
2018-(trenutno) Znanstveni sodelavec
Nacionalni inštitut za biologijo, Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Ljubljana, Slovenija

2016-2017 Asistent z doktoratom
Nacionalni inštitut za biologijo, Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Ljubljana, Slovenija

2015-2015 Raziskovalno-razvojni sodelavec
Biosistemika d.o.o., Ljubljana, Slovenija

2014-2014 Tehnološki razvojnik
Unichem d.o.o., Sinja Gorica, Slovenija

2012-2014 Asistent z doktoratom
Nacionalni inštitut za biologijo, Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Ljubljana, Slovenija

2007-2012 Asistent
Nacionalni inštitut za biologijo, Oddelek za biotehnologijo in sistemsko biologijo, Ljubljana, Slovenija

ŠTIPENDIJE IN NAGRADE
2019 STSM štipendija COST akcije iPlanta CA15223
2017 STSM štipendija COST akcije CHARME CA15110
2011 Rektorjeva nagrada za naj inovacijo Univerze v Ljubljani
2010 Štipendija Ad futura za delo v tujini v okviru doktorskega usposabljanja

VODSTEVENE IZKUŠNJE
•    Delovni mentor za eno diplomsko in eno magistrsko nalogo
•    Vodja postdoktorskega projekta ARRS (http://projects.nib.si/RNAinVAL)
•    Oseba odgovorna za upravljanje s podatki za EU H2020 projekt SUSPHIRE (http://susphire.info/)
 
STROKOVNE RECENZIJE, ČLANSTVA V ODBORIH
•    Recenzent znanstvenih projektov za Evropsko komisijo
•    Recenzent znanstvenih člankov za več mednarodnih znanstvenih revij, med njimi: BMC Plant Biology, Plos One, Molecular Ecology in Pest Management Science.
•    Član upravnega odbora in namestnik koordinatorja za STSM štipendije COST akcije iPlanta CA15223
 
ČLANSTVO V STROKOVNIH IN ZNANSTVENIH ORGANIZACIJAH IN DRUŠTVIH
•    član Slovenskega biokemijskega društva (SBD)
•    član Slovenskega društva za biologijo rastlin (SDBR)
•    predstavnik inštituta v European Open Science Cloud Association (EOSC-A)
 
OBISKI V LABORATORIJIH V TUJINI
2019 Prof Dr Guy Smagghe, Ghent University, Gent, Belgija (1 mesec)
2017 Prof Dr Ana Conesa, CIPF, Valencija, Španija (1 mesec)
2010 Prof Dr Axel Mithoefer, Max Planck Institute for Chemical Ecology, Jena, Nemčija (4 meseci)
2007 Dr. Helena Ryšlava, Charles University in Institute of Experimental Botany, Praga, Češka (2 tedna)

IZBRANE PUBLIKACIJE IZ MEDNARODNIH SODELAV
PETEK, Marko, ZAGORŠČAK, Maja, RAMŠAK, Živa, SANDERS, Sheri, TOMAŽ, Špela, TSENG, Elizabeth, ZOUINE, Mohamed, COLL RIUS, Anna, GRUDEN, Kristina. Cultivar-specific transcriptome and pan-transcriptome reconstruction of tetraploid potato. Scientific data. 2020.
•    Podatkovni članek o sestavljanju in bioinformatski analizi posameznih transkriptomov in pantranskriptoma krompirja

CHRISTIAENS, Olivier, PETEK, Marko, SMAGGHE, Guy, TANING, Clauvis Nji Tizi. The use of nanocarriers to improve the efficiency of RNAi-based pesticides in agriculture. V: FRACETO, Leonardo F. (ur.). Nanopesticides : from research and development to mechanisms of action and sustainable use in agriculture. Cham: Springer, cop. 2020. https://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2F978-3-030-44873-8.pdf
•    Pregled literature na področju nanomaterialov za povečanje učinkovitosti kontrolnih agensov na osnovi RNAi v okviru COST akcije iPlanta CA15223 - Modifying plants to produce interfering RNA

GRUDEN, Kristina, PETEK, Marko, PODPEČAN, Vid, et al. Ménage à trois : unraveling the mechanisms regulating plant-microbe-arthropod interactions. Trends in Plant Science. 2020. https://dx.doi.org/10.1016/j.tplants.2020.07.008
•    Metaanaliza literaturnih podatkov v okviru COST akcije CAMo Interactions FA1405 - Using three-way interactions between plants, microbes and arthropods to enhance crop protection and production

SCHOVILLE, Sean D., CHEN, Yolanda H., ANDERSSON, Martin N., BENOIT, Joshua B., BHANDARI, Anita, BOWSHER, Julia H., BREVIK, Kristian, CAPPELLE, Kaat, CHEN, Mei-Ju M., CHILDERS, Anna K., GRUDEN, Kristina, PETEK, Marko, et al. A model species for agricultural pest genomics : the genome of the Colorado potato beetle, Leptinotarsa decemlineata (Coleoptera: Chrysomelidae). Scientific reports. 2018. http://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-20154-1
•    Genom koloradskega hrošča, kjer sem v okviru i5k sodeloval kot član mednarodne ekipe za manualno anotacijo genskih modelov

Povezava na bibliografijo COBISS:
https://bib.cobiss.net/bibliographies/si/webBiblio/bib201_20210523_112355_29617.html

Povezava na bibliografijo Google Scholar:
https://scholar.google.si/citations?user=kVFtRGkAAAAJ

Povezava na ORCID profil:
https://orcid.org/0000-0003-3644-7827

Povezava na LinkedIn profil:
https://www.linkedin.com/in/markopetek/

Povezava na ResearchGate profil:
https://www.researchgate.net/profile/Marko-Petek-2