NIB

Denis Kutnjak je od leta 2012 dalje zaposlen na Nacionalnem inštitutu za biologijo, na oddelku za biotehnologijo in sistemsko biologijo rastlin, trenutno kot znanstveni sodelavec. Od leta 2021 je vodja raziskovalne enote Mikrobiologija, ki je del oddelka.

V okviru svojega raziskovalnega dela se ukvarja z odkrivanjem in študijem raznolikosti, evolucije in epidemiologije virusov. Z uporabo sodobnih in klasičnih pristopov virologije raziskuje virome rastlin, živali in okoljskih vzorcev. Posebno pozornost namenja uporabi visokozmogljivega sekvenciranja in bioinformatike v virologiji in pridobljene izkušnje prenaša tudi na druga področja, na primer na diagnostiko virusov v vzorcih rastlin in v odpadnih vodah ter študije povezane z okoljsko DNA.

IZOBRAZBA IN DELOVNE IZKUŠNJE

Denis Kutnjak je leta 2012 dokončal dodiplomski študij biologije na Biotehniški fakulteti Univerze v Ljubljani. V sklopu izmenjave je na Inštitutu za botaniko Univerze v Innsbrucku (Avstrija), opravil laboratorijski del diplomske naloge (prof. dr. Božo Frajman), kasneje pa je bil za krajši čas zaposlen kot projektni sodelavec in se ukvarjal z rastlinsko filogenetiko, filogeografijo in varstveno genetiko.

Leta 2012 je pričel s podiplomskim študijem na Mednarodni podiplomski šoli Jožefa Stefana, Ljubljana, Slovenija (Nanoznanosti in nanotehnologije), kjer je svoje doktorsko delo zagovarjal leta 2016. Opravil ga je pod mentorstvom prof. dr. Maje Ravnikar. Njegovo raziskovalno delo je bilo usmerjeno v uporabo visokozmogljivega sekvenciranja za odkrivanje in študij raznolikosti virusov. Med doktorskim študijem je leta 2012 obiskal Mednarodni center za raziskave krompirja (CIP), Lima, Peru (dr. Jan F. Kreuze), leta 2016 pa Inštitut za molekularno in celično biologijo rastlin (prof. dr. Santiago Elena).

Po zaključenem doktoratu je v okviru več evropskih in nacionalnih projektov nadaljeval raziskovalno delo na področju biologije, raznolikosti in evolucije rastlinskih virusov, vpeljavi sodobnih metod za detekcijo virusov v diagnostični laboratorij in študiju viromov vzorcev iz različnih virov. V letih 2019 in 2020 je opravil podoktorsko raziskovalno gostovanje na Inštitutu za integrativno sistemsko biologijo (I2SysBio) v Valenciji v Španiji (prof. dr. Santiago Elena), kjer je raziskoval dinamiko virusnih populacij pri različnih načinih prenosov virusov in vlogo epigenetskega vtisnjenja v časovno ločenih mnogoterih virusnih okužbah v rastlinah. V času pandemije SARS-CoV-2 je aktivno sodeloval pri vpeljavi in izvajanju monitoringa odpadnih voda za SARS-CoV-2 in njegove različice.

IZBRANE PUBLIKACIJE

PECMAN Anja, ADAMS Ian, GUTIÉRREZ-AGUIRRE Ion, FOX Adrian, BOONHAM Neil, RAVNIKAR Maja and KUTNJAK Denis. Systematic Comparison of Nanopore and Illumina Sequencing for the Detection of Plant Viruses and Viroids Using Total RNA Sequencing Approach. Front. Microbiol. 2022, 13:883921. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.883921

GREGORIČ, Matjaž, KUTNJAK, Denis, BAČNIK, Katarina, GOSTINČAR, Cene, PECMAN, Anja, RAVNIKAR, Maja, & KUNTNER, Matjaž. Spider webs as eDNA samplers: Biodiversity assessment across the tree of life. Molecular Ecology Resources, 2022, 00, 1–12. DOI: https://doi.org/10.1111/1755-0998.13629

RIVAREZ, Mark Paul Selda, VUČUROVIĆ, Ana, MEHLE, Nataša, RAVNIKAR, Maja, KUTNJAK, Denis. Global advances in tomato virome research : current status and the impact of high-throughput sequencing. Frontiers in microbiology. 2021, vol. 12, str. 1-22. ISSN 1664-302X. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.671925/full DOI: 10.3389/fmicb.2021.671925

SILVA, Washington da, KUTNJAK, Denis, XU, Yi, XU, Yimin, GIOVANNONI, James, ELENA, Santiago F., GRAY, Stewart. Transmission modes affect the population structure of potato virus Y in potato. PLOS pathogens. 23 Jun. 2020, 16, 6, str. e1008608, 1-23, ilustr. ISSN 1553-7366. https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1008608, DOI: 10.1371/journal.ppat.1008608.

BAČNIK, Katarina, KUTNJAK, Denis, PECMAN, Anja, MEHLE, Nataša, TUŠEK-ŽNIDARIČ, Magda, GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion, RAVNIKAR, Maja. Viromics and infectivity analysis reveal the release of infective plant viruses from wastewater into the environment. Water research. 2020, vol. 177, str. 1-11. ISSN 0043-1354. DOI: 10.1016/j.watres.2020.115628.

PECMAN, Anja, KUTNJAK, Denis, GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion, ADAMS, Ian, FOX, Adrian, BOONHAM, Neil, RAVNIKAR, Maja. Next generation sequencing for detection and discovery of plant viruses and viroids : comparison of two approaches. Frontiers in microbiology. 2017, vol. 8, str. 1-10. ISSN 1664-302X. https://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2017.01998, DOI: 10.3389/fmicb.2017.01998.

KUTNJAK, Denis, ELENA, Santiago F., RAVNIKAR, Maja. Time-sampled population sequencing reveals the interplay of selection and genetic drift in experimental evolution of Potato virus Y. Journal of virology. 2017, vol. 91, iss. 16, str. 1-17. ISSN 0022-538X. DOI: 10.1128/JVI .00690-17.

KUTNJAK, Denis, KUTTNER, Michael, NIKETIĆ, Marjan, DULLINGER, Stefan, SCHÖNSWETTER, Peter, FRAJMAN, Božo. Escaping to the summits : phylogeography and predicted range dynamics of Cerastium dinaricum, an endangered high mountain plant endemic to the western Balkan Peninsula. Molecular phylogenetics and evolution. 2014, vol. 78, str. 365-374. ISSN 1055-7903. http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2014.05.015, DOI: 10.1016/j.ympev.2014.05.015.