NIB

Katarina Bačnik je od leta 2017 zaposlena na Nacionalnem inštitutu za biologijo, na Oddelku za biotehnologijo in sistemsko biologijo rastlin, trenutno kot asistentka z doktoratom. V okviru svojega raziskovalnega dela se ukvarja z odkrivanjem raznolikosti virusov v različnih vzorcih iz okolja in industrije z uporabo visoko-zmogljivega sekvenciranja in bioinformatike.

IZOBRAZBA IN DELOVNE IZKUŠNJE

Katarina Bačnik je zaključila magistrski študij Mikrobiologije na Biotehniški fakulteti v Ljubljani leta 2017. Tekom magistrskega študija je opravljala dve praksi v tujini. Leta 2015 je bila na inštitutu Institut für biologie II, Albert Ludwigs universität Freiburg. V letu 2016 pa je opravljala prakso na inštitutu Institut für microbiologie, Universität Innsbruck.

Leta 2017 je pričela s podiplomskim študijem na Mednarodni podiplomski šoli Jožefa Stefana, Ljubljana, Slovenija (Senzorske tehnologije), kjer je svoje doktorsko delo zagovarjala leta 2022. Opravila ga je pod mentorstvom prof. dr. Maje Ravnikar in dr. Denisa Kutnjaka. Z uporabo visokozmogljivega sekvenciranja in bioinformatike je v okviru svoje doktorske naloge raziskovala virome vodnih vzorcev, nevretenčaskih gostiteljev in celičnih linij iz biofarmacevtske industrije.

Po zaključenem doktoratu v okviru različnih projektov nadaljuje raziskovalno delo na področju odkrivanja novih virusnih sekvenc z uporabo podatkovnega rudarjenja predhodno objavljenih podatkov, karakterizacije viromov vodnih vzorcev in rastlin ter uporabe bioinformatskih analiz za karakterizacijo virusnih sekvenc.

IZBRANE PUBLIKACIJE

-MEHLE, Nataša, BAČNIK, Katarina, BAJDE, Irena, BRODARIČ, Jakob, FOX, Adrian, GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion, KITEK, Miha, KUTNJAK, Denis, LOH, Yue Lin, MAKSIMOVIĆ, Olivera, RAVNIKAR, Maja, VOGEL, Elise, VOS, Christine, VUČUROVIĆ, Ana. Tomato brown rugose fruit virus in aqueous environments : survival and significance of water-mediated transmission. Frontiers in plant science. 2023, vol. 14, art. 1187920, str. 1-15, ilustr. ISSN 1664-462X. https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1187920, 

-RIVAREZ, Mark Paul Selda, PECMAN, Anja, BAČNIK, Katarina, MAKSIMOVIĆ, Olivera, VUČUROVIĆ, Ana, SELJAK, Gabrijel, MEHLE, Nataša, GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion, RAVNIKAR, Maja, KUTNJAK, Denis. In-depth study of tomato and weed viromes reveals undiscovered plant virus diversity in an agroecosystem. Microbiome. 2023, vol. 11, art. 60, str. [1]-24, ilustr. ISSN 2049-2618. https://doi.org/10.1186/s40168-023-01500-6

-HILAIRE, Johny, TINDALE, Sophie, JONES, Glyn, PINGARRON-CARDENAS, Gabriela, BAČNIK, Katarina, OJO, Mercy, FREWER, Lynn J. Risk perception associated with an emerging agri-food risk in Europe : plant viruses in agriculture. Agriculture & food security. 13. Mar. 2022, vol. 11, str. 1-19, ilustr. ISSN 2048-7010.  DOI: 10.1186/s40066-022-00366-5.

-MAKSIMOVIĆ, Olivera, LENGAR, Živa, KOGEJ ZWITTER, Zala, BAČNIK, Katarina, BAJDE, Irena, MILAVEC, Mojca, ŽUPANIČ, Anže, MEHLE, Nataša, KUTNJAK, Denis, RAVNIKAR, Maja, GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion. Evaluation of methods and processes for robust monitoring of SARS-CoV-2 in wastewater. Food and environmental virology. 23 Aug 2022, vol. 14, str. 384-400, ilustr. ISSN 1867-0334.  DOI: 10.1007/s12560-022-09533-0.

-GREGORIČ, Matjaž, KUTNJAK, Denis, BAČNIK, Katarina, GOSTINČAR, Cene, PECMAN, Anja, RAVNIKAR, Maja, KUNTNER, Matjaž. Spider webs as eDNA samplers : biodiversity assessment across the tree of life. Molecular ecology resources. 2022, vol. 22, issue 7, str. 2534-2545, ilustr., graf. prikazi, tabele. ISSN 1755-098X. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13629, DOI: 10.1111/1755-0998.13629.

-FILIPIĆ, Arijana, LUKEŽIČ, Tadeja, BAČNIK, Katarina, RAVNIKAR, Maja, JEŠELNIK, Meta, KOŠIR, Tamara, PETKOVŠEK, Martin, ZUPANC, Mojca, DULAR, Matevž, GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion. Hydrodynamic cavitation efficiently inactivates potato virus Y in water. Ultrasonics Sonochemistry. January 2022, vol. 82, str. [1-19], ilustr. ISSN 1350-4177.  DOI: 10.1016/j.ultsonch.2021.105898.

-BAČNIK, Katarina, KUTNJAK, Denis, JERIČ KOKELJ, Barbara, TUTA, Nika, LONČAR, Tan, VOGELSANG, Matjaž, RAVNIKAR, Maja. Metagenomic characterization of parental and production CHO cell lines for detection of adventitious viruses. Biologicals. Jan. 2021, vol. 69, str. 70-75. ISSN 1045-1056. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1045105620301354, DOI: 10.1016/j.biologicals.2020.11.001.

-BAČNIK, Katarina, KUTNJAK, Denis, ČERNI, Silvija, BIELEN, Ana, HUDINA, Sandra. Virome analysis of signal crayfish (Pacifastacus leniusculus) along its invasion range reveals diverse and divergent RNA viruses. Viruses. 2021, vol. 13, iss. 11, str. 1-21, ilustr. ISSN 1999-4915.  DOI: 10.3390/v13112259. [

-BAČNIK, Katarina, KUTNJAK, Denis, PECMAN, Anja, MEHLE, Nataša, TUŠEK-ŽNIDARIČ, Magda, GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion, RAVNIKAR, Maja. Viromics and infectivity analysis reveal the release of infective plant viruses from wastewater into the environment. Water research. 2020, vol. 177, str. 1-11. ISSN 0043-1354. DOI: 10.1016/j.watres.2020.115628

-MALL, Achim, SOBOTTA, Jessica, HUBER, Claudia, TSCHIRNER, Carolin, KOWARSCHIK, Stefanie, BAČNIK, Katarina, MERGELSBERG, Mario, BOLL, Matthias, HÜGLER, Michael, EISENREICH, Wolfgang, BERG, Ivan A. Reversibility of citrate synthase allows autotrophic growth of a thermophilic bacterium. Science. 2018, vol. 359, iss. 6375, str. 563-567. ISSN 0036-8075.  DOI: 10.1126/science.aao2410.