NIB

IZOBRAZBA

• 1992 -1998 Univerza v Ljubljani, Biotehniška  fakulteta, Oddelek za biologijo

• 1998-2006 Univerza v Ljubljani, Biotehniška  fakulteta, Interdisciplinarni podiplomski študij biotehnologije 

ZAPOSLITVE

• 1998-2006 Nacionalni inštitut za biologijo, mlada raziskovalka

• 2006-          Nacionalni inštitut za biologijo, raziskovalka

PODROČJE RAZISKAV 

1. Interakcija krompir – krompirjev virus Y, sistemsko biološki pristop

Interakcijo krompirja z ekonomsko pomembnim povzročiteljem bolezni PVY spremljamo na različnih nivojih (molekulskem, transkriptomskem, proteomskem, in nivoju malihRNA). Potrdili smo potrdili vlogo rastlinskega hormona, salicilne kisline v tej preobčutljivostni (HR) interakciji (Baebler s sod., 2014). Analiza izražanja na nivoju celotnega genoma je pokazala, da je odgovor v rastlinah brez salicilne kisline zakasnjen, poleg tega pa smo identificirali nekatere gene, ki bi lahko pripomogli k odpornosti na virus.  Pokazali smo tudi da nekrotične lezije, ki v tej interakciji nastanejo, ne omejujejo virusa, kar potrjuje, da je sta celična smrt in rezistenčni odgovor ločena procesa (Lukan s sod., 2018). Ugotovili smo tudi, da so v od salicilne kisline odvisnem tolerančnem odgovoru sorte Desiree na virus (Baebler s sod., 2011),  male RNA pomemben nivo regulacije ravnotežja med razvojem in imunostjo (Križnik s sod., 2017). 

 Slika: Bolezenska znamenja in število različno izraženih genov (krepko bolj, navadno manj izraženi) po okužbi s PVY v rastlinah krompirja sorte Rywal (levo) in NahG-Rywal (desno) (Baebler et al., 2014)

Izbrane publikacije

• Baebler Š, Witek K, Petek M, Stare K, Tušek-Znidaric M, Pompe-Novak M, Renaut J, Szajko K, Strzelczyk-Zyta D, Marczewski W, et al. 2014. Salicylic acid is an indispensable component of the Ny-1 resistance-gene-mediated response against Potato virus Y infection in potato. Journal of experimental botany 65, 1095–1109. https://doi.org/10.1093/jxb/ert447
• Baebler Š, Stare K, Kovač M, Blejec A, Prezelj N, Stare T, Kogovšek P, Pompe-Novak M, Rosahl S, Ravnikar M, et al. 2011. Dynamics of Responses in Compatible Potato - Potato virus Y Interaction Are Modulated by Salicylic Acid (G Bonaventure, Ed.). PLoS ONE 6, e29009. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029009
• Križnik M, Petek M, Dobnik D, Ramšak Ž, Baebler Š, Pollmann S, Kreuze J, Žel J, Gruden K. 2017. Salicylic acid perturbs sRNA-gibberellin regulatory network in immune response of potato to Potato virus Y infection. Frontiers in Plant Science, vol. 8, str. 1-14. https://doi.org/10.3389/fpls.2017.02192h
• Lukan T, Baebler Š, Pompe Novak M, Guček K, Zagorščak M, Coll Rius A, Gruden K. 2018. Cell death is not sufficient for the restriction of potato virus Y spread in hypersensitive response-conferred resistance in potato. Frontiers in Plant Science. https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00168
  
  

2. Razvoj in implementacija bioinformatskih orodij 

Usmerjamo se v različne pristope integracije in vizualizacije podatkov, pridobljenih z različnimi omskimi metodami. Razvili smo spletni aplikaciji GoMapMan (www.gomapman.org) za pregledovanje urejanje in integracijo funkcionalnih anotacij genov modelne in kmetijsko pomembnih rastlinskih vrst in quantGenius (http://quantgenius.nib.si/), ki omogoča enostavno analizo podatkov PCR v realnem času (qPCR). 

Slika: Shemi spletnih aplikacij GoMapMan (levo) and quantGenius (desno)

• Baebler Š, Svalina M, Petek M, Stare K, Rotter A, Pompe Novak M, Gruden K. 2017. quantGenius : implementation of a decision support system for qPCR-based gene quantification. BMC Bioinformatics. https://doi.org/10.1186/s12859-017-1688-7
• Ramšak Ž, Baebler Š, Rotter A, Korbar M, Mozetič I, Usadel B, Gruden K. 2014. GoMapMan: integration, consolidation and visualization of plant gene annotations within the MapMan ontology. Nucleic acids research 42, D1167–75. https://doi.org/10.1093/nar/gkt1056
• Rotter A, Usadel B, Baebler Š, Stitt M, Gruden K. 2007. Adaptation of the MapMan ontology to biotic stress responses: application in solanaceous species. Plant methods 3, 10.  https://doi.org/10.1186/1746-4811-3-10

3. Uporaba metod transkriptomike v farmacevtski biotehnologiji in ekotoksikologiji

Transkriptomske analizo uporabljamo pri razvoju zdravil (Petek et al., 2010), pri razvoju (Jamnikar et al., 2015) in karakterizaciji farmacevtskih proizvodnih sevov (Kirm et al., 2013) ter pri ugotavljanju učinkov citostatikov v okolju (Kovacs et al., 2015).

Slika: Levo – Primarni odziv S. aureus na fosfomicin na nivoju izražanja genov (Petek at al., 2010). Desno - histologija, poškodbe DNA in izražanje genov pri kroničnem odzivu cebric na nizke doze citostatika 5-FU (Kovacs et al, 2015)

Izbrane publikacije

• Jamnikar U, Nikolić P, Belič A, Blas M, Gaser D, Francky A, Laux H, Blejec A,Baebler Š, Gruden K. 2015. Transcriptome study and identification of potential marker genes related to the stable expression of recombinant proteins in CHO clones. BMC biotechnology, 15, 98. https://doi.org/10.1186/s12896-015-0218-9
• Karničar K, Drobnak I, Petek M, Magdevska V, Horvat J, Vidmar, R, Baebler Š, Rotter A, Jamnik P, Fujs Š, Turk B, Fonović M, Gruden K, Kosec G, Petković H. 2016. Integrated omics approaches provide strategies for rapid erythromycin yield increase in Saccharopolyspora erythraea. https://doi.org/10.1186/s12934-016-0496-5
• Kovács R, Csenki Z, Bakos K, Urbányi B, Horvath A, Garaj-Vrhovac V, Gajski G, Gerić M, Negreira N, Lopez De Alda M, Barceló D, Heath E, Kosjek T, Žegura B, Novak M, Zajc I, Baebler Š, Rotter A, Ramšak Ž, Filipič M. Assessment of toxicity and genotoxicity of low doses of 5-fluorouracil in zebrafish (Danio rerio) two-generation study. Water research, 2015, 77, 201-212. https://doi.org/10.1016/j.watres.2015.03.025
• Petek M, Baebler Š, Kuzman D, Rotter A, Podlesek Z, Gruden K, Ravnikar M, Urleb U. 2010. Revealing fosfomycin primary effect on Staphylococcus aureus transcriptome: modulation of cell envelope biosynthesis and phosphoenolpyruvate induced starvation. BMC microbiology 10, 159. https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-159

 
DRUGE AKTIVOSTI

• So-ustanoviteljica odcepljenega podjetja NIB BioSistemika in organizator skupnih NIB-BioSistemika delavnic v (www.biosistemika.com/workshops)

• Popularizacija znanosti: Organizacija dogodkov (Dan očarljivih rastlin, Zelena čudesa, Znanost na cesti, Noč raziskovalcev), pri pripravi TV oddaj  (Ugriznimo znanost,  Ljudje in zemlja; 14:30-19:00)

RAZISKOVALNI PROJEKTI (ZADNJA TRI LETA)

• SUSPHIRE – Trajnostna proizvodnja feromonov za kontrolo škodljivcev v kmetijstvu (2018-20120, project ERANet Cobiotech, nacionalna koordinatorka, http://susphire.info/susphireproject/)
• Učinki citostatikov v okolju in identifikacija biomarkerjev za izboljšanje ocene tveganja v okolju (Cytothreat; FP7 2011-2014; vodja delovnega paketa,http://www.cytothreat.eu/)
• Biotehnologija in sistemska biologija rastlin (program, 2015-2020)
• Prostorsko časovna analiza hipersenzitivnega odziva krompirja na krompirjev virus Y (2016-2019)
• Priprava molekularnih postopkov za sistemsko analizo imunskega odgovora krompirja (2014-2017)
• Analiza heterogenih informacijskih omrežij za odkrivanje zakonitosti v znanostih o življenju (2016-2019)
• ELIXIR-EXCELERATE- (EFSRI, 2015-2019)

UREDNIŠTVA IN ODBORI

• COST CA15110, Harmonizacija in standardizacija za povečanje učinkovitosti in konkurenčnosti raziskav na področju ved o življenju v Evropi, članica UO (2016-2019)
• Predsednica Slovenskega društva za biologijo rastlin (SDBR)
• Članica upravnega odbora centra za funkcionalno genomiko in biočipe
• Članica poslovnega odbora NIB (2010-2017)
• Zunanji nadzorni član project BioApp (Interreg)
• Ocenjevalec za revije Molecular Plant-Microbe Interactions, Journal of Experimental Botany, PlosOne, Plant Physiology in Biochemistry,  Journal of Plant Physiology in Central European Journal of Biology

KRATEK ŽIVLJENJEPIS

Rojena 1973 v Ljubljani. Raziskovalno delo za diplomsko nalogo s področja žlahtnjenja perunik je opravila na univerzi v Miyazakiju (Japonska). Po diplomi se je zaposlila kot mlada raziskovalka na Nacionalnem inštitutu za biologijo. Aprila 2001 je zaključila magistrski študij z nalogo s področja produkcije rastlinskih sekundarnih metabolitov, za katero je prejela Krkino nagrado. V okviru doktorskega dela je raziskovala izražanje genov v interakciji krompir – virus, z uporabo analize mikromrež in PCR v realnem času. Po doktoratu nadaljuje delo na raziskavah interakcije rastlina - virus, s poudarkom na razvoju metod, ki omogočajo boljšo vizualizacijo in interpretacijo podatkov visokozmogljivih metod. Vključena je tudi v industrijske projekte, kjer implementira pristope sistemske biologije v industrijsko okolje. Vodila je tudi delovni paket evropskega projekta Cytothreat, ki je bil namenjen ugotavljanju učinkov ostankov citostatikov v okolju. Trenutno je nacionalna koordinatorka projekta SUSPHIRE za biotehnološko proizvodnjo alternativnih sredstev za zaščito rastlin.

Je soustanoviteljica podjetja BioSistemika in organizatorka in inštruktorica na tečajih na temo  PCR v realnem času, organiziranih v sodelovanju s podjetjem BioSistemika. Sodeluje pri poučevanju dveh podiplomskih predmetova na Univerzi v ljubljani in Mednarodni podiplomski šoli Jožefa Stefana. Veliko časa nameni tudi aktivnostim za popularizacijo znanosti. Tekoče govori angleško (certifikat CAE), sporazumeva pa se tudi v francoščini in japonščini.

Celotna bibliografija (COBISS)
Celotna bibliografija (Google Scholar)